Microsoft 365 メールをIMAPで使用しております。
職場から支給されているアカウントです。

・2台のPCに設定していますが、両方とも同様の症状が出ています。

・「購読」の選択が有効にならず、すべてチェックoffになります。
・onにしても、次に確認するときにはoffに戻っています。

・Outlook（Webメール）だと、すべてのフォルダが正常にみられます。

そのPCは職場のネットワーク環境にあるものでしょうか。それともリモートワークの自宅環境でしょうか。

該当アカウントに対し「IMAP フォルダーとニュースグループの購読」画面を開いて各フォルダーにチェックを付けても、
いったん閉じてから画面を開きなおすとそれがすべてチェックが外れた状態になっている、という状況でしょうか。

https://www.office.com/ を開いてサインイン、アプリ起動ツールから Outlook を選択ですね。

Outlook 2019：かつて使用していたことがあったので、IMAPで手動（再）設定してみました。「フォルダー」→「IMAPフォルダー」→「クエリ」と進めると、「フォルダー一覧は完全に更新されませんでした。IMAPコマンドは失敗しました。」と表示され、フォルダーの選択にたどり着きませんでした。

ちなみに、「サーバー設定」→「詳細」の「購読しているフォルダーのみ～」のチェックを外せばすべてのフォルダとその中身が表示されるので、（見た目や操作性を無視すれば）使用上の問題はありません。