・POPを使用している(今後徐々にIMAPにしていく予定)
・SSLは「接続の保護なし」認証方式は「通常のパスワード認証」

・タイムアウトしましたというポップアップが右下に出る。それに伴い
毎日たくさんメールを受信していたのに一日に数件しか受信できていない

・security.tls.version.minの値を1にする

・Thunderbirdを「ESET」の監査対象から外す

security.tls...やESETの対象外設定はセキュリティ的に設定を変えない方がいいとは思っています。

・過去バージョンに戻しても改善していないのはなぜか

これは受信（POP）サーバーの接続に関してですね。送信（SMTP）サーバーはどうでしょうか。
また、メールサーバー本来の推奨される設定でしょうか。
それともサーバーはSSL/TLS対応してるけど、何らかの意図で「接続の保護なし」にしているのでしょうか。

WEBメールなどで（Thunderbirdを使わず）サーバーにメールがあるか確認することは可能でしょうか。

一緒に security.tls.version.enable-deprecated を true にするとどうでしょう。

「監査対象から外す」がどのような内容を含んでいるかは気になるところですが、今は問題の切り分けを優先し、ESETを一時的に全無効化して確認すべきでしょう。
現在使用しているPCの環境をいじることが難しければ、いっそのこと別途PCを用意し、ESETをインストールせずに新規にThunderbirdをインストールし、必要最小限のアカウント設定して確認するといいでしょう。

たぶんプロファイルをそのまま使っているのではないでしょうか。
Thunderbird 78 で使っていたプロファイルのまま、プログラムだけ強引に過去バージョンにしてもあまり意味がありません。
別のプロファイルを新規に用意してください。

管理人の Cai です。
MAMAMA さんの投稿について一部伏字処理を行いました。
個人につながる情報の公開にはお気をつけください。

送信サーバーも「接続の保護なし」「通常のパスワード認証」です。
サーバーとしては非推奨の設定です。

全てのアプリについてウィルスなりチェックしているので、そのチェック対象から外す、という事です。

一応ご教示頂いた通り実施し、真新しいアカウントでも送受信を行ないましたが、相変わらず時間がかかるといった状態です。

試してみたいと思いますが、こちらはどういったプログラム？なのでしょう。

仕事上過去のメールをさかのぼる事が何かと多い為、新規プロファイルに過去メールが残っていない以上古いプロファイルを使わざるを得ない感じです。

一応プロファイル入れ替え手順としては
過去プロファイルのバックアップを取る→過去プロファイルの名前を新規プロファイルの名前にする→起動する為の拡張子？(defaultとかdefault-release)を合わせる。profile.iniの中身も一応あっているか確認する

・Thunderbirdを過去バージョンに戻す(60.9...くらいまで)

POPを使用している事により、メールサーバーにメッセージを残す設定にしていると
メールはどんどん蓄積されていき(社員全員分)、その容量肥大によって動作に支障が出ているのではないか？という可能性です。

設定エディターで「security.tls.version.min : 1」を試されたのでしたら、いっしょに「security.tls.version.enable-deprecated : true」も試してほしいのです。
壊れたりはしません。

メールサーバまたは回線の問題を真っ先に疑うべき事案だと思います。

Thunderbird以外のメールクライアントソフトウェアでも問題が発生するかどうかを確認しましょう。

また、
であるかはともかく、をしてもらうのはよいかと思います。

Windows 10の標準メールアプリで
アカウントの追加＞詳細設定＞インターネットメール
で手動設定が出来るはずです。

「security.tls.version.enable-deprecated : true」
こちら試しましたが、送受信の遅さは変化なし、です。

またoutlookを使用してみたところ、こちらも送受信に少し時間がかかりました。
outlookは使用経験が無いたので、送信の遅さの具合がわかりませんが...
とにかく「送信」を押したらスッといくような感じではないです。3秒はかかっています。

・設定エディタからタイムアウトまでの時間を延長する

結果タイムアウトによるエラーはなくなったものの、送信と受信が遅いという現象の解決には至っていません。