もし、同じような事象がございましたら、誘導頂ければ幸いです。

本日の起動時より、78.4.0に更新されたようです（起動したらデザインが変わった）。

受信トレイに消えたものと同じサブフォルダ名のフォルダを作成すれば同期されるかと考え、同じ名前のフォルダを作成しようとすると、
「その名前のフォルダーはすでに存在します。他の名前を入力してください。」
と出ます。

→昨日、プロファイルをコピーしたあと、アンインストール→再インストールをしたため、確認ができません。
　ただ、Thunderbirdのデザインが大幅に変更になったため、68であったと思います。

アカウント①～④を用いています。
そのうち、①②は受信、送信に用い、③④は受信のみです。

②③④で、送信済みトレイがすべて消えました。
②の受信トレイの、サブトレイが消えました（中身のメールも）。
ただし、defaultの②のアカウント内の、Inbox.sbd内には、「消えたサブトレイ名称.msf」および「消えたサブトレイ名称」のファイルが残っています。
また、「Sent.msf」および「Sent」も残っています。

私の方も別トピックの方がご解決された、「隠しファイル」属性を修正することで、送信済みトレイも受信のサブトレイも復活致しました。
中身も問題なく確認できます。
別トピックのjunk様のように、「隠しファイル」属性が、となった理由は不明です。
78への更新時に生じたのでしょうか。

78への更新時に生じたのでしょうか。

こちらは不明ですが、junk様の方法で直りましたので、解決と致します。
いろいろとご教授頂きまして本当にありがとうございました。

68.12.1 → 78.3.3

の更新をしましたが、
隠しファイル属性に係わる現象は出ていません。

セキュリティアプリ？は会社全体で「ウィルスバスターCorp」を入れています。

現在は、会社のPCを持ち帰り、在宅勤務で自宅ネットから繋いでいる状況です。

Thunderbirdのプロファイル等は私は会社のサーバー内に設定・保管しており、会社のサーバーにはVPNで繋ぐ形です。

ただ今回の事例では、少なくともWindowsにおいて、
フォルダーの実ファイルに隠しファイル属性が設定されていると Thunderbird はそのフォルダーを使用できなくなるということがわかったので、
これは収穫でした。

ウィルスバスターCorpが何らかの要因でフォルダーのファイルを隠しファイルにしてしまうという可能性も
あるかもしれません。

なんと言ってもこれが問題です。
まず、Thunderbird はプロファイルをネットワーク上のサーバーに置くことは想定していません。
ファイル共有でドライブ割り当てもしてしまえばローカルドライブと同じに使える、そう思うかもしれませんがリスキーです。
まず第一の問題として速度や信頼性です。(中略)
次にファイルの属性やタイムスタンプなんかの問題です。(中略)
ここからはお節介を承知で言わせていただくと、手元のPCで動作している Thunderbird が (以下略)

このあたり詳しくないため、間違っているかもしれません。(中略)
現在は、会社のPCを持ち帰り、在宅勤務で自宅ネットから繋いでいる状況です。

Thunderbirdのプロファイル等は私は会社のサーバー内に設定・保管しており、
会社のサーバーにはVPNで繋ぐ形です。

C:ドライブも含めた Windows実行環境も「会社サーバ」側で動いてるのかもしれません(超推測)。

ウィルスバスター以外に、法人指定のアプリはありません。
メーラーも何を使用しても自由で、Thunderbirdを使用しているのは私の他にもう一人いましたが

「隠しファイル」属性を変更し解決した旨も含め
会社のシステムサポート部門へ相談問い合わせしてみてください。
何故こんな事が起きたのか(起きる可能性があるのか)
popでの使用に無理があり imapに変えるべきなのか
社内サポートの意見をor指示を確認ください。

それはともかく、という意見には賛成で、ぜひそうすべきでしょう。

かなり意識しながら(状況をウォッチしながら)
68.12.1 → 78.3.3
の更新をしましたが、
隠しファイル属性に係わる現象は出ていません。

単純なではなく、
何か複合的な条件下で生じたか？
もしくは 78更新とは無関係か？？
のいずれかではと思っています(私見)。