「解決策をご存じの方」ではありませんが、EarlgreyTea と申します。
いくつか確認させてください。
まず、ここに投稿されたということは Thunderbird を利用されてのご質問かと思いますが、Thunderbird と OS のバージョンを教えてください。
mighty さんが書きました:
・現在起きている事象：98％アラート
これは、Thunderbird で該当アカウントのフォルダーを開いた画面にて、
下部のステータスバーの未読数の左に黄色のゲージとパーセントが表示された状態、
ということでよろしいでしょうか。
ちなみに、この表示の閾値は下記設定項目（設定エディターで表示・変更可能）で設定されています。
mail.quota.mainwindow_threshold.show : 75
mail.quota.mainwindow_threshold.warning : 80
mail.quota.mainwindow_threshold.critical : 95
mighty さんが書きました:
・現在の設定環境：POP、サーバーにメールを残す（仕事上消せないそうです）
私の理解だとクオータをサポートしているIMAPサーバーでしか表示されないと思ったのですが、POPでも表示される場合があるのでしょうか。
ちなみに私が利用しているものでは、GmailをIMAPで使っている場合だけです。
mighty さんが書きました:
・解決したいこと：表題の件並びにクォータ使用容量 272625/292969KBを2000000KBへ変更したい
「272625/292969KB」というのはどこから得られた情報でしょうか。
ステータスバーのゲージの上にマウスカーソルを移動すると下記のようにTips表示されますが、
添付ファイル:
クオータ表示.jpg [ 17.31 KiB | 表示数: 5514 回 ]
※閾値をいじって意図的に表示させています。
Thunderbird はサーバーから返ってくる情報を表示しているだけですから、Thundedrbird をいったん終了させて起動しなおしても表示が変わらないようでしたら、サーバー側の問題のように思われます。