Thunderbirdで二つのプロバイダ(@niftyとVC-Net)のメールを受信しているが、
このうちVC-Netの方のメールのヘッダが崩れ、正しい内容が表示できない。

また、このためか、返信もできない。

返信ボタンの件は、私の勘違いでした。申し訳ございません。
こちらはどちらも効きます。でも、2つ出てくるというのは変ですよね？

返信の編集画面において、送信ボタンもCtrl+Rもどちらも効きません。
実行しても反応はないです。

今のVC-Net用のプロファイルは凍結して、新しく作り直したものを今後は使うしかないのかな？　という気がしています。

2つのアカウントで状況が異なるのが不可解ですが、まず Thunderbird のプログラムをアンインストールして、再度ダウンロードしてインストールしてみてください。
プロファイルはそのまま残ります。

その後で、切り分けのために新しいプロファイルでの（あくまでも）確認をお願いします。

Thunderbirdを78.0にバージョンアップした後、VC-Netのメールヘッダが崩れていた件、突然復旧しておりました。

突然というのは 78.01 → 78.1.0 アップデートのタイミングでしょうか。

68から78へ上げたタイミングだったと思います。

で、キャッシュのクリアを行うことで、環境がリフレッシュされて表示が治ったのではないかと推測しています。

それは、オプション＞ネットワークとディスク領域の「今すぐ消去」ボタンのことでしょうか。

それで、自動更新に関してはどうでしょう。
症状が出ているときは 78.0.1 で、現在は 78.1.0 になっているのではないでしょうか。
04:22 の質問は、78.1.0 での修正によるものなのかを確認したいという意図でした。

キャッシュはネットワークアクセスのためのもので、ヘッダー表示に関係しているとは思えないのです。

ただ、78.1.0でどういう修正がなされたのかは把握しておりませんので、バージョンアップによる修正なのかどうかはわかりません。