何か改善策があれば教えて下さい。

ごみ箱を空にする操作はどのくらいの頻度で行っていて、一回あたりメールをいくつくらい削除してるでしょう。

〇 ごみ箱の中を空にすると14、5回に1回ぐらいの割合で

ごみ箱を空にするはほぼ毎日行います。削除したメールはすぐに消したいので、数通から1０通前後くらいで空にしています。

追加の情報になりますが、現在メールアカウントを2つ設定しています。
ごみ箱が消えるのは上から2番目のメールアカウントになります。

ちなみに、ごみ箱消失はごみ箱を空にする操作の直後に気づくのでしょうか。
それとも、Thunderbirdを終了して次に起動した際でしょうか。

「はい」をクリックしたらごみ箱は消えています。

「ごみ箱を空にする」は、ごみ箱の実体ファイル Trash と Trash.msf をいったん削除後に再生成することで行っていたと思いますので、その再生成が何らかの状況により阻害されることで、ごみ箱が消える、という症状になると解釈することができます。
問題はどういう状況がそれを引き起こすのかですね。

「送信済みトレイ」のメールすべてを削除して進捗インジゲーター（ぐるぐるまわるもの）が出ている時に、ごみ箱を空にしたら発生しました。

これは重要な情報です。
メールの削除処理が完了していない状況で、「ごみ箱を空にする」を実行したら発生したということですね。。
つまり、
ごみ箱フォルダー Trash に削除メールを順次書き込んでいる途中で、Trash を消そうとしたことになるわけです。
これはいかにもダメそうです。

私自身は一度も遭遇したことも、意図的に再現できたこともありません。