※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類だけでなく Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。遅ればせですが、横から失礼します。
シンジ さんが書きました:
「importexporttools」というアドオンを入れればいいらしいと知ったのですが、今のものはこれに対応していない、とのメッセージが出ました（thunderbird自体は二、三日前に導入したものであり、最新バージョンです）。
この内容から推測して、インストールされたのは、Thunderbird 68 系だろうと思われます。
Thunderbird 68 系は、アドオン（拡張機能）まわりの仕様変更が入っているので、旧来のバージョンで使えていたアドオンで使えなくなっているものがけっこうありますから...。
Windows Live メール からエクスポートしたファイルが eml 形式であれば、アドオンを使わずともそのまま Thunderbird に取り込めることは、EarlgreyTea さんがアドバイスなさっているとおりです。
試しに当方の Windows 7 環境で、旧バージョンの Thunderbird から出力した 1300 個の eml ファイルを、Thunderbird 68.1 の作業用フォルダーにドラッグ＆ドロップで一気に取り込んでみましたが、ぴったり 1300 個のメールがインポートでき、異常は見当たりませんでした。
ただし、当方の PC のスペックがかなり低いこともあって、それなりの時間がかかりました。
あくまでシステムスペックとの兼ね合いになりますが、インポートしようとしている eml ファイルが万単位とか、大容量の添付ファイルを数多く含んでいて全体で数ギガバイトあるとかいった背景事情があるなら、時間もさることながら、システムに相応の負荷もかかるでしょうから、その間に別の操作をおこなったとき、実行中のインポートに何らかの障害が生じる可能性も否定しきれません。
また、もしも IMAP アカウント配下にあって IMAP サーバーと同期しているフォルダーに直接取り込もうとしたような場合も、eml ファイルの数や状態によっては、何らかの問題が起こる可能性は否定できないと思います。
こういう移植のための作業は、どんなサーバーからも独立したスタンドアローンの [ローカルフォルダー] を使うのが望ましいです。
[すべてのフォルダー] 形式で表示した [ローカルフォルダー] 配下に、作業用のフォルダー（仮に「emlIMPORT」とする）を作り、そのフォルダーに Windows Live メール からエクスポートした eml ファイルをドラッグ＆ドロップしてみてください。
もし、ファイル数が膨大または大容量なら、いくつかに分割してインポートを試みてください。
そして、「emlIMPORT」に確実に取り込めたことが確認できたあと、必要に応じて各アカウントのフォルダーに分類してください。
（補足）
上述のくり返しになりますし、シンジさんの事例では当てはまらないかもしれませんが、メールのインポート時には重要なことなのでまとめておきます。
メールのインポートは、ローカル環境内での作業になるとはいえ、一般的なメール受信の動作ではありえないほど、一気に大量・大容量のデータを処理するケースが出てきます。例えて言えば、過去 5 年間のメールをインポートするのなら、毎日少しずつ受信してそこまでに至ったメールデータを、一回の操作で 5 年分の数と量を一気に取り込む（受信する／書き込む）ような動作になるわけです。
そのため、インポートしようとしているデータの数・量、状態によっては、Thunderbird にもシステムにも、かなりの負荷がかかることがあります。
この点を意識して、インポート中は他の作業をおこなわないなど、それなりの配慮をして取り組んだほうがいいと思います。極端な話、新着メッセージがないかを 1 分ごとに確認するような設定が生きたままインポート作業をおこなうよりは、一時的に新着確認を無効にしてインポート作業に集中したほうが、インポートの安定性は向上するでしょう、ということです。
とりあえず以上です。役に立たない話になっていたらすみません。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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