メールを受信したらいつも受信している件名のメールの内容だけが迷惑
メールになっています。また、逆もあり迷惑メールの件名で内容が迷惑
メールでないものもあります。さらに２つのメールが合体してしまったような
メールや、２つのメールをまたがっているものもあり、本当に必要なメール
がどこかへ行ってしまい探している状態です。
これはどのようにしたら解決できるのでしょうか・・。

アドバイスよろしくお願いします。

メールの件名と内容が一致しないとのことですが、
見出しファイル(.msf という拡張子の付いたファイル)がおかしくなったかも知れません。
Thunderbirdを停止して、プロファイルフォルダの中にあるMail フォルダ内の
Inbox.msfを削除して、Thunderbirdを起動してみて下さい。
(プロファイルフォルダのバックアップはお忘れなく!!)

ツール->アカウント設定->サーバ設定の「起動時に新着メッセージがないか確認する」や
「新着メッセージがないかXX分ごとに確認する」や「自動的に新着メッセージをダウンロードする」の
チェックを外してから実施される方が宜しいかと。

このフォーラムで「要約ファイル」で検索すると見出しファイルの不都合事例が参照出来ますよ。

先ほどやってみたら直りました！
迅速＆丁寧なアドバイスありがとうございます。とても助かりました。