どうやら、症状が発生するタイミングが分かったので、報告します。

PCを起動して、ログイン画面が出てすぐにログインせず、
少ししてからログインすると、すでにThunderbirdが立ち上がっており、
見えないほど小さな状態でウィンドウが開いています。

すぐにログインすると、画面上でThunderbirdが立ち上がり、
正常な大きさでウィンドウが開きます。

ログイン画面の裏で起動すると、症状が発生するようです。

新たにSetupを落として、上書きインストールをしたら直りました。

Thuderbirdのverはメニューを開くことができないので確認できないのですが、
64bitの最新版が入っているはずです。

新たにSetupを落として、上書きインストールをしたら直りました。

PCを起動して、ログイン画面が出てすぐにログインせず、
少ししてからログインすると、すでにThunderbirdが立ち上がっており、
見えないほど小さな状態でウィンドウが開いています。

ニフレロン さんのおっしゃる「PCを起動する」の意味が判らなくなりました。
どんな操作をされてるのでしょうか？
PC起動してまだ Windowsログインしてないのに
何故にログイン後に勝手に Thunderbirdが起動してるの？
Start-upに登録してたとしても
Windowsログイン前に何故に走り始めるのだろうか？？

私にはワカリマセン。

ひょっとしての「超」推測なのですが
ニフレロン さんの「PC起動」とは、
PCシャットダウンさせた状態からの起動ではなく
PCが「スリープ(または休止)」した状態から「復帰」させた際の操作をおっしゃってるのではないですか？

Thunderbirdを起動したままで PCを「スリープ(または休止)」させた後の「復帰」の際に限って
お困りの事象が起きてるのではないかと推測してます。

あくまで推測の上でのハナシなので
あらためて
ニフレロン さんのお手元でどんな操作をされてるか
整理し説明記載下さい。
.

遅ればせですが、横から失礼します。
maji さんからのアドバイスと重複する部分もあるのですが、流れとして全体を書いてみます。


同じ日（2019年1月15日）の連投の最後がこれだったので、その後追っかけていませんでしたが、改めてここまでのお話を読み直して、気になったことを書かせていただきます。

（1）Thunderbird のメインウィンドウのサイズは、基本的にプロファイル内に保存されています。
すでにご承知のことかと思いますが、Thunderbird は終了時における自身のメインウィンドウの位置・サイズを、プロファイル内の xulstore.json に保存しており、次回起動時はその情報を読み込んで起動しようとします。（古いバージョンでは localstore.rdf に保存されていました。）
もし Thunderbird のウィンドウの位置やサイズがおかしくなったときは、いったん xulstore.json を削除し、そのあと自動生成させてやることで、ウィンドウの位置情報を初期化できます。あるいは、セーフモード（アドオンを無効にして再起動）で起動したときに開く [Thunderbird セーフモード] ダイアログで、[ツールバーとコントロールをリセットする] にチェックを付けて [変更を実行して再起動] をおこなっても、xulstore.json を初期化できます。（注：いずれの方法でも、メインウィンドウの位置・サイズだけでなくツールバーの配置状態なども含めてリセットされます。）

しかし、OS の機能または他のアプリケーションソフトの働きで、Thunderbird のメインウィンドウの位置やサイズが変更されることもありえますし、xulstore.json を破損させる別の要因が潜んでいる場合、xulstore.json を初期化した後も再発することがあります。

（2）Windows 向けの Thunderbird の 64 bit 版は、公式にはまだリリースされていません。

Thunderbird 60.0 から、Windows 向けの 64 bit 版がアーカイブにて公開されていますが、公式にはまだ Windows 向け 64 bit 版のリリース告知と使用推奨のアナウンスは出ていません。
この投稿の前にも確認した限りでは、公式サイトからダウンロードできる Windows 向け Thunderbird の公式インストーラーは 32 bit 版だけでした。
（参考）
http://www.thunderbird.net/ja/
http://www.thunderbird.net/ja/thunderbird/all/

Windows 10 の「プログラムと機能」から、インストールされている Thunderbird のバージョン情報を確認できるんじゃないでしょうか。ただし、インストールが正常に完了し、Windows に正しい情報が登録されていることが前提です。
標準的なインストールの結果、Thunderbird の実行ファイル (thunderbird.exe) が [Program Files] の配下にあれば 64 bit 版、[Program Files (x86)] の配下にあれば 32 bit 版と判断できると思います。
実行ファイル (thunderbird.exe) に対し右クリックから [プロパティ] を選び、開いたダイアログの [詳細] パネルで [製品バージョン] を確認できます。あるいは、インストールフォルダ内にある application.ini を「メモ帳」などのテキストエディターで開いても、バージョンを確認することは可能です。

これが Thunderbird 60.x の 32 bit 版か 64 bit 版 かはわかりませんが、現状ではまだ 64 bit 版が 32 bit 版と同程度に安定稼働するとは限らない可能性があることに留意してください。

（3）ユーザーがそのように登録しない限り、Windows のスタートアップに Thunderbird が自動登録されることはなかったと思います。

PC が完全にシャットダウンされた状態から電源を入れて起動する流れの中で、ログイン前に Thunderbird が起動しているようだという状況の背景事情が、maji さん同様ぼくにもちょっと理解できませんでした。
Thunderbird 自体がスタートアップ（自動起動）に登録されているため PC の起動に合わせて自動起動しているのだとしても、ログイン前に起動しているのだとしたら、そのログインユーザーより上位の権限で起動しているのかもしれません。あるいは、PC 起動時に自動起動する別の何かがメールクライアントを呼び出した結果として Thunderbird が起動させられているのかもしれません。
ユーザーごとにおこなう単純なスタートアップ登録なら、ログイン後に自動起動され、普通は前回終了時の位置・サイズ（xulstore.json）で起動するか、ショートカットの [実行時の大きさ] で指定された条件で起動するんじゃないかと思います。後者の場合は、呼び出した側の影響があるかもしれません。（最悪のシナリオだと、何かしらのマルウェアが良からぬ動きをしている結果とか...？）

（4）開いたアプリケーションのウィンドウは、Windows OS の機能である程度コントロールできます。
何らかの理由でデスクトップの範囲（ディスプレイのサイズ）からはみ出てしまったウィンドウがあっても、タスクバー上で右クリックして [重ねて表示] 、[ウィンドウを上下に並べて表示] 、[ウィンドウを左右に並べて表示] などのメニューを実行することにより、その条件でデスクトップ内に呼び戻すことができます。
タスクマネージャーの [プロセス] パネルで Thunderbird の項目を展開し、下層のアイテムを選択して右クリックから [最大化] を選択しても、デスクトップ内に呼び戻すことができるかと思います
ただし、マルチモニター環境で利用している場合、ユーザーの望みとは異なる形でアプリケーションのウィンドウ位置が表示されてしまうことがあるかもしれません。

（5）同じ OS 環境、同じバージョンの Thunderbird で同一の事例が報告されていない問題は、そのユーザー環境に固有の原因が含まれている場合があります。
いまの時点で断定はできませんが、ニフレロン さんのユーザー環境にのみ存在する原因が潜んでいるのかもしれません。
まず、Thunderbird 側の問題を切り分ける意味で、「セーフモード」と「新しいプロファイル」での動作を確認したほうがいいと思います。
プロファイルに原因が潜んでいれば（あるいは、ひとつのプロファイルが他者の干渉を受け続けていれば）、何度インストールし直しても、そのプロファイルを使い続けている限り、同じ問題が何度でもくり返されるでしょう。
「新しいプロファイル」は、既存の常用プロファイルに影響を与えず追加で作成できます。あまり身構えずに試してみて、常用プロファイルと新しいプロファイルでの動作の違いを確認したほうが、問題点を整理できるかもしれません。
（参考）
・複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ
support.mozilla.org/ja/kb/using-multiple-profiles

また、意識的に Thunderbird をスタートアップに登録しているのなら、一度それを無効化してみてください。
そんな設定をした覚えはないのに、ログイン前に Thunderbird が起動するような状況になるのなら、どこか根本的な部分がおかしくなっている可能性も考えられそうです。

PCはスタートメニューから電源、シャットダウンで電源を切っています。
そこから、PCの電源ボタンを押して起動しています。

自分でも不思議なのですが、Windowsログイン画面の裏で
何かしているようでHDDがゴリゴリアクセスしており、
パスワードを入力してデスクトップ画面になると、
Thunderbird、ランチャーなどスタートアップするアプリが
すでに立ち上がっている状態です。

ユーザーアカウントはAdministratorと、
普段使いの自分のユーザーアカウントのふたつがあって、
(中略)
先ほどログイン画面を確認したところ、
ユーザーを切り替えることができず、
普段使いのユーザーアカウントでしか使えませんでした。

たしか、スタートアップフォルダに、Thunderbirdのショートカットを自分で入れたような気がします。

ただ、この情報をお伝えしておらず申し訳ありません、
マルチモニタで使用しております。

試しに、マルチモニタの機能を切ると、
症状が起こらなくなりました。

スタートアップに入れているショートカットを取り出して起動を試してみました。
(中略)
正常なウィンドウサイズで表示されました。

どうやら、1ユーザーアカウントだけでパスワード入力での
ログイン前のスタートアップ項目の読み込み、
マルチモニタの使用が原因のようです。

どうやら、1ユーザーアカウントだけでパスワード入力での
ログイン前のスタートアップ項目の読み込み、
マルチモニタの使用が原因のようです。

使用できるユーザーアカウントがひとつだけと認識されており、
一つしかないのであれば、そのユーザーアカウントの
スタートアップを少しでも早く行っておこうという挙動をしているのかもしれません。

ニフレロン さんのところのマルチモニター環境では、Thunderbird をどのモニターに表示するようになさっているのでしょうか。

Thunderbird の初期値ではハードウェアアクセラレーションは無効状態のはずですが、もしこれが有効になっていた場合、無効化すると症状に変化はあるでしょうか。

現状が「1ユーザーアカウントだけ」しかないのなら、Windows にもうひとつユーザーアカウントを作った状態で、ログイン前に Thunderbird が起動するかどうかを試してみてはいかがでしょう。

念のためですが、32 bit 版の Thunderbird 60.x をインストールして 32 bit 版用のプロファイル（例：32bit_TEST）を作り、そのショートカット(*) をスタートアップに入れた場合、やはりログイン前に「画面左上に小さいウィンドウ」で起動するのでしょうか。

Thunderbird 以外のアプリケーション、例えば Firefox 60.5.2 ESR (64bit) をスタートアップ登録した場合、やはりログイン前に自動起動して「画面左上に小さいウィンドウ」になったりするのでしょうか。

64bit版をアンインストールし、32bit版のThunderbird 60.xを入れたところ、症状が起こらなくなりました！

32bit版のThunderbird 60.5.3で、解決したかと思ったのですが、
見えないくらいのウィンドウが開いてしまうのが先ほど発生してしまいました。