ひとつ教えていただきたいのですが、「症状が起こらなくなりました」というのは、マルチモニター（マルチディスプレイ）環境で Thunderbird のショートカットをユーザーアカウントのスタートアップフォルダーに配置したとき、
（A）ログイン前にすでに起動しているが、「ウィンドウが画面左上に見えないくらい狭い状態」ではなくなった
（B）ログイン前に起動することがなくなり、その結果として「ウィンドウが画面左上に見えないくらい狭い状態」がなくなった
のどちらでしょうか。

いったんは問題が起こらなくなり、しばらく正常に使えていたということは、その後の経過の中で症状を再発させる何かがあったという推測が成り立ちます。
上記の「症状が起こらなくなりました」の内容とも関連しますが、Windows 自体や他のプログラムにも、本件の症状を誘発させる何かしらの要因がある可能性も疑って、その観点からも調査したほうがいいかもしれませんね。