※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。遅ればせですが、横から失礼します。
単純明快なトピックタイトルなので、検索でこのトピックにたどり着く方がおられることを想定して、以下を書き留めさせていただきます。
マスターパスワードは、Thunderbird に保存されているユーザー ID やパスワードなどの「ログイン情報」を保護するパスワードです。
しばしば勘違いされることですが、Thunderbird の起動やメッセージの閲覧を制限することが目的のパスワードではありません。
Thunderbird のマスターパスワードについての基本点は次の公式サポート記事に書かれていますが、
この投稿の時点では、説明が古い仕様のままになっている箇所があります。
（参考）
・Thunderbird のマスターパスワード ｜ Thunderbird ヘルプ
support.mozilla.org/ja/kb/master-password
マスターパスワードの操作にあたって、現役の Thunderbird 60.x および前バージョンの 52.x 系では、次の点に注意してください。
（A）マスターパスワードを設定するこれについては、上記サポート記事に書いてある通りです。
マスターパスワード設定時に表示される「マスターパスワードの変更」ダイアログに
太字で書いてある警告に最大限の注意を払ってください。引用:
マスターパスワードは決して忘れないようにしてください。マスターパスワードを忘れてしまうと、それにより保護されている一切の情報にアクセスできなくなります。
（B）マスターパスワードを変更または削除する「変更」の場合は、オプション設定の当該箇所から [マスターパスワードを変更] ボタンを押して開いたダイアログで、新しいマスタパスワードに変更します。
「削除」の場合は、オプション設定の [マスターパスワードを使用する] のチェックを外すと、「マスターパスワードを削除」のダイアログが開きます。
ここで、現在使用しているマスターパスワードを入力して、[削除] ボタンを押すと、既存のマスターパスワードが削除されます。
（「変更」ダイアログで新しいパスワードを空欄にして実行するのと同じ結果を得られますが、「削除」という目的に対しては、こちらのほうが概念的にわかりやすいと思います。）
（C）パスワードを忘れた場合マスターパスワードを忘れたとき、マスターパスワードを含めたログイン情報全体をリセットする方法です。
次の「警告」に最大限の注意を払ってください。引用:
警告: この操作は、保存されたすべてのユーザー名とパスワードを削除します。
Thunderbird 60.x や 52.x 系では、旧形式のエラーコンソールが、開発ツールの Web コンソールに置き換えられています。
このため、サポート記事にある「エラーコンソール を選択してください」「コード欄に次のテキストを貼り付けてください」の「コード欄」が存在しません。
Thunderbird 60.x や 52.x 系では、開発ツールの「スクラッチパッド」を使ってリセット用のスクリプトを実行できます。
（1）[ツール] -> [開発ツール] -> [開発ツールボックス] を開きます。
（2）「リモートデバッグ接続要求」のダイアログが開いたら、[OK] を押します。
（3）「開発ツールボックス」のウィンドウが開きます。
（4）ここで、ツールバーの [インスペクター] [コンソール] [デバッガ―] [スタイルエディター] …… と並んだ中から、[スクラッチパッド] を探します。
[スクラッチパッド] がなかったら、右端にある歯車アイコン（開発ツールのオプション）でオプション画面を開きます。
左列の「標準の開発ツール」の一覧にある [スクラッチパッド] にチェックを入れます。
するとツールバーに [スクラッチパッド] の項目が表示されるので、それをクリックします。
（5）開いた [スクラッチパッド] の画面のカーソルが点滅している位置に、サポート記事にある
コード:
openDialog("chrome://pippki/content/resetpassword.xul")
の文字列（スクリプトのコード）を貼り付けます。
（6）メニューにある [実行] ボタンを押すと、「マスターパスワードのリセット」ダイアログが開きます。
（7）あとは、サポート記事にあるとおり、[リセット] ボタンを押し、案内に沿って進んでください。
（補足）
直接 [ツール] -> [開発ツール] -> [スクラッチパッド] を開いた場合、リモートデバッグの条件を経ていないためか、上記のコードが実行できないようでした。なので、一度 [ツール] -> [開発ツール] -> [開発ツールボックス] を開き、そこから [スクラッチパッド] に行く、というのが上記の説明です。
とりあえず今の時点でぼくが把握しているのは以上です。間違いや不足があれば、訂正・補足をいただけるとありがたいです。
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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