横から失礼します。
shin2 さんが書きました:
私が書いている内容はすべてテキストメールにハイパーリンクでアドレスを付けているという前提のお話ですが
すでに EarlgreyTea さんと aides さんからご指摘があるように、何か根本的な部分で勘違いなさっているのではないでしょうか。
ハイパーリンクというのは、ハイパーテキストの文脈で働かせることができる機能です。プレーンテキストでハイパーリンクを使うことはできません。
（参考）
ja.wikipedia.org/wiki/ハイパーリンク
ハイパーテキストの代表格は HTML (HyperText Markup Language) であり、電子メールの中で HTML といえば、HTML 形式のメールです。
プレーンテキスト形式のメール本文内に書かれたメールアドレスや URL がリンクとして表示・機能するのは、メールソフトがそれらの構文規則を解釈して、リンクとして作用するようにしているからです。メールソフトの「メールアドレス・ URL 認識機能」とでもいえばいいでしょうか。しかし、構文規則から外れたメールアドレスや URL はリンク化されません。
プレーンテキスト形式では、任意のアルファベットや日本語文字列にリンクの表示と動作を指定することはできません。つまり、ハイパーリンクは使えないということです。
一方、HTML 形式では、メール本文内にメールアドレスや URL を直に記述すると、自動的に HTML のハイパーリンクで記述され、
コード:
<a href="mailto:abcd＠efg.com">abcd＠efg.com</a>
のようなソースが生成されます。
また、メールアドレスや URL ではない任意の文字列に、意図的にハイパーリンクを指定することができます。例えば、
コード:
<a href="mailto:abcd＠efg.com">私のアドレス</a>
のようなハイパーリンク指定が可能で、このようなメールを HTML 形式で表示すると
私のアドレスのようなリンク表示になり、これをクリックすると abcd＠efg.com を宛先にしたメッセージ作成ウィンドウが開きます。
（注：具体的な事例を書くとスパム判定されて投稿できないので、アットマークなどいくつかの記号やアルファベットを全角で書いています。）
「メールアドレス・ URL 認識機能」によるリンク表示はプレーンテキスト形式のメールでも働きますが、プレーンテキスト形式のメールにハイパーリンク指定を付けることは原理的に不可能です。
shin2 さんが書きました:
メールは基本過去に送ったメールをコピペして編集後、
送信するのでハイパーリンクのアドレスは過去の人のものを新しい人の物へと上書きしています。
ですが、表示上は新しい人でも、実際にクリックしてメーラーが立ち上がった場合は過去の人のアドレスが入力されてしまします。
この文脈から読み取れるのは、HTML 形式でのメール編集の結果です。
shin2 さんのところで開く Thunderbird のメッセージ作成ウィンドウは、どのようになっていますか。
（補足）
プレーンテキスト形式と HTML 形式は、メッセージソースのレベルで根本的な違いがあります。
HTML 形式のメッセージ作成ウィンドウで、画像などを含めず文字だけを書いたとしても、それは HTML メールであってテキストメールではありません。
わざわざ「プレーンテキスト」と呼ぶのは、「ハイパーテキスト」と区別するためです。既述したように、ハイパーテキストの代表格は HTML (HyperText Markup Language) です。
HTML 形式で開いたメッセージ作成ウィンドウは普通、[件名] 欄の下に [本文のテキスト] 、[プロポーショナル] などの選択、フォント指定のメニューや、文字の大きさやインデントなどのアイコンが並んだ [書式バー] が表示されており、さらにその下に本文編集エリアがあります。
上述のように、HTML 形式で開かれたメッセージ作成ウィンドウでは、編集エリアに構文規則に従ったメールアドレスを書くと、ハイパーリンクとしてのソースが生成され、そのままリンク表示（通常、青字に下線）されます。
プレーンテキスト形式では [書式バー] は存在せず、[件名] 欄のすぐ下に本文編集エリアがあります。
プレーンテキスト形式で開かれたメッセージ作成ウィンドウでは、構文規則に従ったメールアドレスを書いても、リンク表示にはなりません。ハイパーテキストではないからです。
下書き保存したものをメッセージペインに表示したときは、「メールアドレス・ URL 認識機能」が働いてリンク表示されます。
しかし、HTML 形式であっても、プレーンテキスト形式のメッセージ作成ウィンドウのように見えることがあります。
メッセージ作成ウィンドウのメニューバーの [表示] -> [ツールバー] で、[書式バー] のチェックが外れていて、[書式バー] が非表示になってるケースです。
この場合でもメニューバーには、プレーンテキスト形式のウィンドウにはない、[挿入] と [書式] メニューが存在しますし、編集の動作は HTML 形式です。
なので、HTML 形式で表示されている HTML メールからコピーした内容は、ソースレベルでコピーされ、HTML 形式で開かれているメッセージ作成ウィンドウにペーストすると、ソースレベルのペーストがおこなわれます。
この状態で、編集画面に見えているリンク部分の文字列を書き換えても、その文字列に対するソース部分のハイパーリンク指定を明示的に変更していなければ、当然の結果としてご質問のようなことが起こります。
（注）
[書式バー] を非表示にしても、プレーンテキスト形式になるわけではありません。[書式バー] の表示・非表示を切り替えられること自体が、HTML 形式である証しです。プレーンテキスト形式では、最初から [書式バー] は存在せず、[表示] -> [ツールバー] にも選択肢はありません。
自分がどんな形式でメールを作成しているかを正確に知るには、メールを作成しているアカウントの内容を確認してみてください。
アカウント設定の [<アカウント名>] -> [編集とアドレス入力] -> [編集] -> [HTML 形式でメッセージを編集する] を調べて、もしチェックが入っているなら、メールの作成・編集は HTML 形式でおこなわれています。
Thunderbird のデフォルトはここにチェックが付くので、新しいアカウントを設定して、この設定項目を変更しない（チェックを外さない）まま使っていれば、メールの作成・編集は HTML 形式でおこなわれることになります。
とりあえず以上です。
（例として具体的なソース記述を入れるとやたらスパム判定されるため、いろいろ端折っています。不正確な部分があればご指摘ください。）
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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