今年に入り、メールサーバーにJUNKフォルダが作られ、そこにメールが格納される事象が起こっています。
メールサーバーの受信箱にメールが入らない為、Thunderbirdの受信箱にもメールが入ってこない状態です。

使用しているメールサーバー　：　roundcube
アカウント　：　POP3

社内にPCは複数台あり、それぞれにThunderbirdをインストールして、会社代表窓口のアドレスを
設定しています。

「メールサーバーにJUNKフォルダが作られ」というのは、Thunderbirdのアカウント内という意味ではなく、たしかにメールサーバー上にできているということでしょうか？

roundcube はメールサーバーではなくて、Webメールクライアントだったと思います。
（メールサーバーはThunderbirdのアカウント設定のサーバー設定で設定しているものです）
そうしますと、roundcubeで見たらJUNKフォルダができていることが確認できた、ということのようですね。

はい、その通りです。
roundcubeを開いてみてみるとJUNKフォルダができていて、メールが格納されていたということです。
実は今年の3月頃にも同様の事象がおきまして、その際JUNKフォルダのメールを全て他のフォルダに移動して
JUNKフォルダを一旦削除しています。
そして7月末にメールが届かなかったため、再度roundcubeを開いて確認すると
消したはずのJUNKフォルダができていて、メールがそこに入っていました。
アカウントはPOP3で間違いないでしょうか？
しかし、そうしますとPC側の「メーラーかセキュリティソフト」がメールサーバーに影響を与えるということは考えにくいです。
IMAP4ならば、Thunderbirdやセキュリティソフトの迷惑メール処理によってJUNKフォルダが作られ、それがメールサーバーにも同期反映されるということはありえます。

複数台のうち、本来POP3でアカウント設定すべきところがIMAP4になっていて、Thunderbirdの迷惑メールフィルターが動いているPCが無いか、確認してみたほうがよいかと思います。

メーラーかセキュリティソフトが影響していないのであれば他に何か考えられる原因はありますでしょうか？

サーバー管理会社とfujita さん、もし双方の主張が正しいなら、もはや第三者の介在を疑うしかないように思います。
サーバー管理会社にアクセスログを調べてもらって、IMAP4アクセスがあったのかどうか？JUNKフォルダを作ったのは何者なのか？を調べてもらうしか無いように思います。