先日、52.6.0にアップデートしたのですが、再起動寸前まで見ることができたメールが全て見れなくなってしまいました。
Appdata内profileフォルダにはデータが残っているようなのでデータが消えたわけではないようですが、どうやったら見れるようになるのか見当もつきません。
どなたか教えてください、お願いします。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:58.0) Gecko/20100101 Firefox/58.0

まずはOSの種類やThunderbirdのバージョン等お書きください。
勘でWindows系かなとは思いますが。

真っ先にやっておくべきこと：今あるプロファイルのバックアップを確実に取って下さい。
その後の作業でミスや不測の事態があっても、最悪バックアップ時の状態に戻せます。
プロファイルの状況がどうなっているのか不明なので、プロファイルは個別のもの（xxxxxxxx.defaultといったような）のみではなく、その上位のThunderbirdフォルダごと保存することを勧めます（下記リンク先参照）。

「メールがすべて見れなくなってしま」った状況は以下のどれでしょうか？

1. アカウント設定もろともすべて消えている（全くの初期状態になっている）
2. アカウント設定は残っているが、メールの一覧（スレッドペイン）が表示されない
3. アカウント設定は残っており、スレッドペインにメールの一覧も表示できるが、本文（メッセージペイン）が表示されない

これらのどれかによって、考えられる原因と対処が変わってきます。

それぞれのケースについて、以前書いたものを提示しておきます。
リンク先の解説を参照してください。

１. 全くの初期状態の場合
1-a)設定ファイル（prefs.js)に不具合がある
プロファイル異常時の確認＆復旧手順：包括版 - とりかごとなり。
1-b)profiles.iniが作り直されている
プロファイル消えた?　と思ったら… - とりかごとなり。

2.と3. アカウント設定は残っているが、スレッドペインやメッセージペインが表示されない
スレッドペイン・メッセージペインにメールが表示されない・異常な場合のフローチャート - とりかごとなり。

これでも駄目な場合は、プロファイルの中身（メールデータが確実にあるかどうか）や上記各項目を確認した結果についてお知らせください。
またIMAP接続の場合は、メールサーバとの接続状況もメールの表示・非表示にかかわってきますので、メールのプロトコルについてもお知らせください。

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Thunderbirdの基本を書いています(ずっと発展途上)　とりかごとなり。
基本の操作(画像あり)：バージョン確認　/ セーフモード / 新規プロファイル作成