新たにアカウントを作成しました。これまで使っていたアカウントに対してのフィルターをそのまま適用したいのですがどうすれば良いのでしょうか。よろしくご教授ください。
thuderbird 45.2.0 mac osx10.11.6です。

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.11; rv:48.0) Gecko/20100101 Firefox/48.0

答え：　できません。

で、やるとすると、
(1) アカウントＡのメッセージフィルターの定義のファイルを、
手動でアカウントＢのメッセージフィルターの定義のファイルにコピーし、
(2) フィルタールールで移動する先のフォルダーについて、
「アカウントＡのフォルダーＸに移動・コピー」の部分を、
「アカウントＢのフォルダーＸに移動・コピー」に変える必要があります。

(1)は、.../<サーバーA>/msgFilterRules.dat を .../<サーバーB>/msgFilterRules.dat にコピーする。

(2)は、msgFilterRules.dat の中で定義されている
action="Move to folder"
actionValue="mailbox://<サーバーA>/<フォルダーX>
の部分を、
action="Move to folder"
actionValue="mailbox://<サーバーB>/<フォルダーX>
に変更する。

変更するのは、(2-a) メッセージフィルター定義のUIの画面からフォルダーを選択し直し、でもいいし、
(2-b) Thunderbirdが終了している状態でテキストエディターでmsgFilterRules.datを編集してThunderbirdを再起動、でもいい。

当然ですが、移動先を「アカウントＢのフォルダーＸ」に変える場合には、「アカウントＢのフォルダーＸ」が既に存在していないといけないですから、アカウントＢでフォルダーＸを先に作成しておく必要があります。

移動先のフォルダーについては、相対パスではなくて、絶対パスになっているので、手動で変える必要があります。
メッセージフィルターの定義で、「このアカウントのほげほげフォルダー」といったような定義ができると、フィルター用のファイルのコピーだけで済んで楽なんですが、あいにく、そうなってはいない。
actionValue="mailboxOfThisAccount://<フォルダーX>" とか定義しておいて、これを、mailbox://<このアカウント用のサーバー>/<フォルダーX>と解釈する、ってな方法で、割と簡単にできるはずなんですけどね。