横から失礼します。体験に基づく参考情報ですが......。
ぼくも、Windows Live Mail からの移行はやったことがないのですが、かつて Windows XP のころ、友人・知人の依頼で Outlook Express から Thunderbird への移行を手伝ったことが何度かありました。
[ツール] -> [設定とデータのインポート] において、Outlook Express は [すべてインポート] が使え、[アカウント設定] 、[メールフォルダ] 、[アドレス帳] がまとめてインポートできました。
このとき、Outlook Express の [メールフォルダ] は [ローカルフォルダ] 配下に取り込まれました。
インポートされた Outlook Express のアカウント内容は、[アカウント設定] -> [<インポートされたアカウント>] -> [サーバ設定] -> [メッセージの保存] -> [詳細] から開く [アカウントの詳細設定] で、[別のアカウントの受信トレイ] が選択され、対象が [ローカルフォルダ] となっていました。
したがって、アカウント設定にはインポートされたアカウントができていますが、ローカルフォルダに統合されているため、フォルダペイン(メイン画面の左縦)にはインポートしたアカウントは表示されませんでした。
なので、友人・知人のニーズに応じて、[このアカウントの受信トレイ] に切り替えることで、インポートしたアカウントを独立してフォルダペインに表示させました。
つまり、インポート直後は meeyar さんがおっしゃっている
meeyar さんが書きました:
経験則ですが、POPのアカウントでメッセージ保存先をローカルフォルダにした場合、画面左のフォルダペインから該当アカウントの表示が消えます。
という状態なので、
meeyar さんが書きました:
もしアカウントB、Cともに保存先がローカルフォルダになっている場合は、この仕様に引っかかっている可能性があるので、保存先を「このアカウントの受信トレイ」に戻し、Thunderbirdを再起動すれば表示されるはずです。
とすることで、インポートしたアカウントをフォルダペインに表示させたということです。
さて、Windows Live Mail の場合は [すべてインポート] に対応しておらず、[設定] だけが対象です。
このインポートが上記の Outlook Express と同様におこなわれるのだとすれば、インポートされたアカウントが、自動的にローカルフォルダに統合されている可能性が高いと思われます。
meeyar さんがご指摘のように、[アカウント設定] -> [<インポートされたアカウント>] -> [サーバ設定] -> [メッセージの保存] -> [詳細] から開く [アカウントの詳細設定] がどうなっているかを点検してみることが最優先でしょう。
また、この設定以外にも、[送信控えと特別なフォルダ] などを一通りながめ、保存先がローカルフォルダのままになっている項目がないか確認しておくことをお勧めします。
メッセージのインポートでは、Windows Live Mail のメッセージがすべて eml ファイルで出力済みなら、それらの eml ファイル群を Thunderbird のフォルダにドラッグ&ドロップするだけで取り込めます。
まだ受信メッセージを溜め込んでいないのなら [受信トレイ] でもいいですし、大量の eml ファイルがあるなら、インポート用のフォルダを作ってそこにドラッグ&ドロップすれば安心でしょう。正常にインポートが完了したことを確認できたら、Thunderbird 上で任意のフォルダに振り分けてください。
もちろん、ImportExportTools を使ってもかまいません。でも、Thunderbird 単体で eml ファイルを取り扱えることは、覚えておいて損はないと思います。
とりあえず以上です。役に立たない話だったらすみません。