Thunderbird 45.0 + 新規プロファイルでテストしてみました。
[環境：OS:Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 45.0 日本語版]
[事前準備]
オプションで新規アカウントのメッセージ格納形式を maildir 形式に指定しておく
POP アカウント設定をおこなう
サーバに残してあるメッセージを受信しておく
[１．メッセージの検索して検索フォルダを作成する]
単純に差出人名で検索し、「検索テストサンプル」という名前で検索フォルダを作成する
添付ファイル:
検索フォルダ1.png [ 39.98 KiB | 表示数: 5568 回 ]
[２．作成した検索フォルダ内のメッセージをスレッドペインで選択や他のフォルダに移動して戻る]
スレッドペインは空白ではないが判別できない表示となり、メッセージペインはブランクとなる
添付ファイル:
検索フォルダ2.png [ 34.49 KiB | 表示数: 5568 回 ]
[３．Thunderbird を再起動する]
検索フォルダが消失した状態表示になるが、プロファイル内には存在（サブフォルダも msf も）
します
添付ファイル:
検索フォルダ3.png [ 53.5 KiB | 表示数: 5568 回 ]
検索フォルダの msf ファイルは、作成されて保存されている状態に変化はありませんでした。
また、他にもいくつかの異なる条件の検索をおこなって検索フォルダを作成してみたところ、どの
msf も 3KB で同じ固定サイズとなっているようです。
注：検索対象のメッセージ数の母体数が 100 通程度なのでサイズに変化がないのかも知れません。
原因は不明ですが、かなり不安定で正常に常用できるものではないようです。
このことから、今のところバージョン 38.0 系で UI から削除された問題は、引き続き 45.0 系でも
改善されたものではないと思われます。
下記ヘルプとそこで紹介されているリンク先のバグ類やドキュメントを参照すれば、そのリスキー
な背景がうかがえます。
現状では従来からの mbox 形式を利用するのが無難でお勧めかと思います。
[参照]
Maildir in Thunderbird | Thunderbird ヘルプ