（はじめに）
このトピックをたてたのは STK さんとなっていますが、YNK さんは同一人物ですか？
文脈からはそうだと思われますが、一般に、同じフォーラムや掲示板内でハンドルネームをころころ変えるのはマナー違反です。
どうしても本人が書き込めず代理人が書き込むような場面がないわけではありませんが、文字通り代理人は本人の代理なので、その旨が他の人（フォーラムを見ている人）に伝わるように配慮していただけると助かります。
実際に "なりすまし" という行為もありますから、自己申告したハンドルネームで同一性を保証できるわけではありませんが、いちおう個人の善意と信頼をもとに成り立っている場なので、最低でも同じトピック内では統一した名前を使って応答していただけるとありがたいです。以後、よろしくお願いします。
（本題）
お書きになった順番に引用してコメントさせていただきます。
YNK さんが書きました: まず前提条件であるOSと各ソフトのバージョンは以下です
OS：Win7 64bit
Thunderbirdデスクトップ版：38.1
Thunderbirdポータブル版：38.2.0
STK さんが書きました: ソフトはどちらも最新です
現時点におけるデスクトップ版の最新バージョンも 38.2.0 です。
http://www.mozilla.jp/thunderbird/
からダウンロードできる Thunderbird が、この投稿の時点でまだ 38.1.0 のままなのがアレですから、必ずしもユーザーのミスではありません。
自動更新で 38.1.0 を 38.2.0 にすることもできますが、一から PC 環境を作り直すような場合には、次のところから最新のインストーラを入手できます。
https://www.mozilla.org/en-US/thunderbird/all/
言語と OS の組み合わせから必要なものを選んでください。
YNK さんが書きました: 以前デスクトップ版からポータブル版に移行した際は、
プロファイルをコピーすることでかたがつき、その後特に問題なく動作しました。
デスクトップ版のプロファイル格納場所 %APPDATA%\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\ から
ポータブル版格納場所 \ThunderbirdPortable\Data\profile\ へ です
ご事情は了解しました。
このとき、xxxxxxxx.default フォルダの中身を、ポータブル版の profile フォルダの中へコピーされたのですよね。
それなら、移行方法としては間違っていませんし、xxxxxxxx.default が不具合を抱えていない限り、普通に稼働すると思います。
YNK さんが書きました: 今回、逆のことをするわけですから、前回と逆のことをすれば問題ないのではないか と思い
ポータブル版プロファイルをデスクトップ版にコピーしたのですが、
デスクトップ版はプロファイルを認識しなく、なにもデータがない状態で起動されました
理屈の上ではそのとおりで、逆の移行もできるはずです。
ただし、デスクトップ版がそもそもどのようにインストールされていて、プロファイルがどこに／どのように／いくつ生成されているか、その条件に対してどのような操作手順で Portable 版を移行したか等によって、結果が左右させる可能性はあるかもしれません。
「起動されました」ということは、デスクトップ版の Thunderbird はプロファイルを認識しています。プロファイルが認識できないと Thunderbird は起動できません。
しかし、「なにもデータがない状態で」というのは、移行したはずの Portable 版のプロファイルではない、別の新しいプロファイルを読み込んでいる可能性が考えられます。
Portable 版のプロファイルに障害が起こっていないのが確かなら、移行後に「なにもデータがない状態で起動されました」というのは、デスクトップ側のプロファイルの構成やユーザーの運用方法に含まれる何かが要因となっている可能性が高いと考えられます。
YNK さんが書きました: ポータブル版にはprofiles.iniに相当するファイルが存在しなく、すべてのデータが\ThunderbirdPortable\Data\profile\内で管理されているため
単純なコピペでは移行できないようです
起動に関していえば、Portable 版に profiles.ini が存在しないことは、デスクトップ版の起動にはなんら関係しません。
profiles.ini の情報を元に起動するのはデスクトップ版です。デスクトップ版の Thunderbird が正常にインストールされて初回起動していれば、profiles.ini は自動的に作られています。そのとき同時に生成された最初のプロファイル（xxxxxxxx.default）も存在するはずです。
この xxxxxxxx.default の情報は profiles.ini に記録されているので、xxxxxxxx.default フォルダの中に、ポータブル版の profile フォルダの中身をコピーすることで、通常の Thunderbird 間のプロファイル移行に準じた結果が得られることになります。
ただし、前便で書いたようないくつかの注意点はあります。
（簡単な比較テスト）
首を突っ込んだ手前、実際にテストしてみました。
Windows 7 Home Premium SP1 (64bit) 上にインストールされている Thunderbird 38.2.0 で新しく作ったテスト用のプロファイル（xxxxxxxx.PortableTEST）の中に、USB デバイスにインストールしてある Thunderbird Portable 38.2.0 の profile フォルダの中身を丸ごとコピーしました（余分なものも含めて）。
その後、xxxxxxxx.PortableTEST を選んでデスクトップ版の Thunderbird 32.8.0 を起動させると、移行した Portable 版のプロファイルの内容で起動し、簡単な送受信は問題なくできました。
ただし、動作検証はここまでです。この先、その移行したプロファイルを使い続けた場合、前便で書いたような注意点に関係する問題が起こるのか起こらないのかを検証するところまではテストしていません（そんな時間的余裕はないので...）。
アドオンも、Portable 版には CompactHeader ぐらいしか入れていませんので、もしも YNK さん、あるいは STK さんが Portable 版に導入しておられたアドオンの種類や数によっては、適正な比較にならないかもしれません。
少なくとも当方でテストした最小限の動作検証では、起動しないとか、なにもデータがない状態で起動してしまう、といったことは起こりませんでした。
（補足）
もともとのご要望である「簡単な移行の仕方」にはなりませんが、移行できていない現状があるのなら、"簡単さ" よりも "確実さ" を優先させたほうがいいかもしれません。
Portable 版で設定していたアカウントと同じアカウント設定をデスクトップ版のプロファイルでおこなってしまえば、Portable 版からの個別データの移行がやりやすくなります。
アカウント設定が完了した時点で、一番基本となる prefs.js とパスワード情報（logins.json と key3.db）は移行する必要はありません。
送受信したメールデータ、アドレス帳、迷惑メールフィルタの学習結果、そしてアドオンを個別に移行していくことになります。
メールデータは、POP アカウントなら Mail フォルダを移行すればいいですし、迷惑メールフィルタ関連は training.dat を移行すればいいでしょう。
アドレス帳は、既定のものだけしか使っていなかったのなら、abook.mab と history.mab を移せばいいですが、新しいアドレス帳を任意に作っていた場合は、*.mab のコピーだけでは移行できません。アドレス帳のインポート・エクスポート機能を使って取り込むか、prefs.js を手動編集（非推奨）することになります。
メッセージフィルタの設定条件（msgFilterRules.dat）は、メールデータの中に存在するので、Mail フォルダの移行が成功しているのなら同時に移行されているはずです。
とりあえず以上です。何かのヒントになればいいのですが......。
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