※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントは IMAP か POP かといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。tetu さんが書きました:
thunderbird 受信時添付ファイルが無いのに添付マークが一度ついて消えるメールがある
あるメッセージを受信したとき、そのメッセージについてスレッドペインの添付カラムに添付マーク（クリップ型）が現われ、そのあと自動的に消える ―― ということでしょうか？この場合、表示されてから消えるまでの時間、およびそのタイミングはどうなっていますか？
念のために確認しておきますが、添付マークがついたメッセージそのものが消える、ということではないのですよね？？
さしあたり前者だとして......。
これまで複数バージョンの Windows OS で Thunderbird を使い、受信は主に POP で送受信ともプレーンテキスト形式を基本にしていますが、ご質問のような現象に遭遇したことは（記憶に）ありません。
ご質問の内容は、multipart のメッセージを受信した Thunderbird が、「これは添付ファイルあり」と判断したあと、すぐに「……じゃなかった！」と訂正している、といった動作のように見えます。
添付ファイルありの判定とそれを訂正する判定が順次おこなわれたような印象ですが、環境条件や運用上の事情など具体的な情報がなく起こった現象しか書かれていないので、何が原因でそのような動作になっているかまではわかりかねます。
もしかしたら、何かのアドオンの影響で添付ファイルの有無の判定が揺らいでいるのかもしれませんし、もっと他の要因があるのかもしれません。
さしあたり、定石的なトラブルシューティングである「セーフモード」や「新しいプロファイル」での動作を確認してみてはいかがでしょうか。
（参考）
・Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/safe-mode・複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/using ... e-profiles（補足）
Word や PDF などのドキュメントファイル、JPEG などの画像ファイルといった「添付ファイル」の構造は、multipart/mixed で定義されていますが、multipart の定義は他にもあり、メッセージの構造は基本的に同じです。
Thunderbird の添付ファイル欄に何も表示されていない、スレッドペインのカラムにも添付マークがついていない、といった場合でも、multipart で送られてくるメッセージはけっこうあります。
例えば、HTML とプレーンテキストの両方を含むもの（multipart/alternative）とか、画像等が挿入（添付でなく）された HTML メール（multipart/related）とか、署名付きメッセージ（multipart/signed）などが比較的よくある事例でしょうか。
multipart/alternative の中に multipart/related が入れ子になっているような、複合的な multipart もあります。
俗っぽい言い方をすると、"隠れ添付ファイル" とでもいうべき要素が存在するケースがけっこうありますよ、ということです。
また、受信側ユーザーが選択した Thunderbird 表示形式の違いにより、スレッドペインの添付マークの有無や、アタッチメントバー（添付バー）の表示・非表示が変わる場合があります。
例えば、画像が挿入された HTML メールを受信したとき、HTML 形式で表示すると、スレッドペインに添付マークはつきませんし、添付欄も表示されません。
一方、プレーンテキスト形式で表示した場合は、スレッドペインに添付マークが現われ、添付バーが表示されます。
（送信側で指定されたメールの構造がどうなっているかで、実際の挙動は微妙に違ってくる場合があります。）
さらにいえば、表示形式を [すべての本文パーツ] にして、スレッドペインでいろんなメッセージを選択してみると、興味深い結果を体験できると思います。
ようするに、送信側で定義されたメッセージのソースと、受信側で選択された表示形式その他の組み合わせによって、添付ファイルつきのメッセージかどうかのマーク付け、添付バーなど添付ファイルの存在を示唆する表示状態は、変動することがある、ということを意識しつつ、本件の現象がトラブルによるものなのか、判定のタイミング等で起こる一過性の現象なのかを見極めていければという話です。
とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。
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