Shift-JISでエンコードされたメールの文字化けは、表示メニューの文字エンコーディングを変更すれば見られるようになるんですが、印刷はどうやっても文字化けを直せません。どなたかいい方法を教えてください。

OSは何かな？
Thunderbirdのバージョンは何かな？

まあ、本件には余り関係ないと思うけど・・・
お行儀の悪いメールを受け取ってしまったのでしょう。
対象のメールを保存してメモ帳で開きます。

Content-type: text/plain; charset=Shift_JIS
Content-transfer-encoding: 8BIT

このようにヘッダー部分を変更、Thunderbirdで開いて印刷で良いのでは？