グローバル検索を使用し、検索結果数が大量にあるワードで検索したとき、
検索結果数が大体400件前後になるのですが、これは仕様でしょうか。

もし、検索結果数が大量にあるワードで検索したいときは、
[編集]->[検索]->[メッセージを検索]で検索するしか方法はないのでしょうか。

グローバル検索での検索は手軽で便利なので設定等により
検索結果数の上限がなくせるのであれば便利なのですが・・・。

当方でも同様になります。
Mozilla の公式文書を確認したわけではありませんが、おそらく仕様なのだろうと思います。

「検索」をおこなうユーザーの目的や用途は様ざまですので一概にはいえませんが、一般的には、膨大な量の検索結果を返すような検索は、あまり好まれないように思います。
「検索」は、対象情報から条件に合致するを絞り込んで、１つまたは少数の厳選された結果にたどり着くことを目的におこなわれることが多いからです。
Google などの検索サービスでも、検索結果は関連性の高いものから数を限って表示するようになっていたと思います。[グローバル検索] も [関連度順] の並べ替え項目があるぐらいですから、同様の考え方に基づいて設計されているのかもしれません。

従来からある Thunderbird の [メッセージを検索] は、保存されているメッセージの生データに総当りし、条件に合致するものを機械的に全部リストアップしていましたが、メッセージのデータ量に応じてパフォーマンスが低下するという弱点がありました（程度はユーザー環境に依存）。
これを補う意味で [グローバル検索] が導入されたと記憶しています。[グローバル検索] は全メッセージのインデックスをデータベース化し、効率的に結果をはじき出すようにしたものといえます。

ご期待にそえないリプライで申し訳ありませんが以上です。的外れなことを書いてたらすみません。