Windows7 pro SP1/thunderbird17。
モニタはメイン：24インチワイドを縦型（縦1920、横1080）で、
　　　　　サブ：21インチワイドを横型（縦1080、横1920）として使っています
thunderbirdはサブモニター上で横サイズをおよそ1500くらいで表示しているのですが、
終了して起動する度に幅が（おそらく）1080に戻ってしまいます。おそらくメインモニタの横幅の
影響なのかと思いますが、対応策はありませんでしょうか。
（1080以下ならウィンドウ幅は保持されます）

bugzilla.mozilla.orgの、https://bugzilla.mozilla.org/query.cgi?query_format=advanced による検索結果。
dual monitorをバグサマリーに含むバグ
dual displayをバグサマリーに含むバグ
検索結果を見ると、Bug 236647 - [META] dual/multiple monitor/head support issues/problemsというメタバグがあるようです。
このメタバグのDependency Treeを見ると、Bug 251024 - On startup the main window is incorrectly sized according to the workspace of the primary monitor が、じゃぺ さんが経験している問題のように見えます。

メインモニター・サブモニターや一つのモニターとして使う、など自体は、任意に設定できるはずです。
モニターの横幅の広い方をメインモニターにし、サブモニターへの表示は「モニターの幅･高さに応じて縮小・拡大」というようなマルチモニタードライバーの設定で逃げる、というようなわけにはいかないですか？
最初に開かれるのはメインモニターなので「必要に応じて縦長で大きいサイズのサブの方に移動」という手間が余計にかかりますけど。