繰り返し、お尋ねします。
これは、問題がどこにあるのかの、手がかりを探り、切り分けするための質問です。
その理由は、negibowz さんのところで起きている問題の、具体的な状況や、情報が乏しいため
です。
お手数ですが、できるだけ正確に、具体的に、教えてください。
[その１]
どのように再設定されたのでしょうか？
具体的な、その手順は？
[その２]
以前とまったく同じ Yahoo! JAPAN のアカウント内容だとしたら、パスワードやユーザ名などが、
重複して、記憶保存されているケースかも知れません。
そのため、別の新しいパスワードを、要求されるのかも知れません。
一旦、以前の Yahoo! JAPAN のパスワードを、パスワードマネージャで、削除されましたか？
[その３]
Yahoo! JAPAN のアカウント設定で、「新着メッセージがないか起動時に確認する」のチェックを
外したら、起動時に、「パスワードを入力してください」のウィンドウが、出なくなったのですね。
では、手動で受信させたら、どうなりますか？
パスワードは、尋ねて来ないようになりましたか？
[その４]
パスワードは、保存されていれば、パスワードマネージャで確認できます。
「パスワードを入力してください」のウィンドウで、パスワード入力時に、以下にあるように「パ
スワードマネージャにこのパスワード保存する」に、チェックを入れて、保存されていますか？
注：正常に保存されていれば、受信アクセス時に、パスワードは尋ねて来ないようになります。
補足：
パスワードマネージャは、[オプション] > [セキュリティ] > [パスワード] > 「保存されている
パスワード」を、クリックして開けば、表示されます。
【大きなお世話】
以下の、過去の質問投稿の結果は、その後、どうなったのでしょうか？
放置するぐらいならば、わざわざ質問投稿することもないでしょう。
MozillaZine.jp フォーラム - Thunderbirdを初めて起動したら、「パスワードを入力してください」のダイアログが出ます。
解決されたのでしょうか？
それとも未解決でしょうか？
解決されたのならば、その経緯は、どのようにされたのでしょうか。