何が原因・問題となっているか不明ですので、以下の対処で、切り分けてみてはいかがでしょ
うか。
その結果によって、問題点が絞り込めるかも知れません。
１．PDF ファイルに対する関連付けの確認・変更・削除
Thunderbird の [オプション] > [添付ファイル] > [受信] で、上記をおこなって、変化
または改善があるかどうかです。
２．mimeTypes.rdf の初期化
mimeTypes.rdf は、Thunderbird から、添付ファイルを開くプログラムの関連付け情報
を、保管しているファイルです。
Thunderbird を終了させた状態で、プロファイル内にある mimeTypes.rdf を、一旦別の
場所に移動させるか、リネームします。
次に、Thunderbird を起動した際に、初期化（再生成）されます。
[参照]
プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
３．Adobe Reader の問題
既定のプログラムが、問題かも知れません。
複数の Adobe Reader がインストールされている場合に、PDF ファイルに対する関連付け
や、PDF プラグイン（Adobe PDF Plug-In For Firefox and Netscape xxxx）が混乱を起
こしているかも知れません。
＃PDF プラグインは、どちらのバージョンが認識されているのでしょうか。
Adobe Reader 9 と Adobe Reader XI の、どちらが既定のプログラムになっているかを確
認してみましょう。
また、どちらかをアンインストールして、一方だけがインストールされてる状態で改善され
るか試してみるのもいいでしょう。
＃Firefox では、PDF に対する複数の Adobe 製品がインストールされていると、
問題を起こすことが知られています。
念のため、Adobe Reader 側の PDF ハンドラーの設定も、確認しておくといいかも知れま
せん。
４．定石・基本的なトラブルシューティング
以下の順番でおこない、その都度変化があるか、改善されたか、確認してみましょう。
・Thunderbird のセーフモード起動
・Thunderbird の新規プロファイルの「追加」作成と、その適用
・Thunderbird の再インストール