同内容の投稿が２００５年にあり、うやむやになっているようですが、最新バージョンではどうなっていますでしょうか。

ポータブル版から乗り換えたいのですが、アカウント設定が完了したら直ちに自動受信されてサーバーのメッセージがなくなってしまったのでは乗換えは躊躇せざるを得ません。（過去に経験があります）
ポータブル版からの乗換えのみならず、他のメーラーからの乗換えでも同様の悩みかと思います。

他のメーラーを使ったことがないのですが、他のメーラーでも同様なのでしょうか。

初心者用への配慮とのことですが、どうすれば初期設定時にも「サーバにメッセージを残す」ことが出来るでしょうか教えてください。

最新バージョンの 17.0.2 でも、初期設定では変更なし（サーバに残さない）です。

ポータブル版ThunderBirdの設定が引き継がれたか、あるいは、手動設定の場合のデフォルトだったのか、いずれにしても第１ステップはクリアできました。

次はポータブル版のProfileフォルダをコピー・上書き貼付けに挑戦しますので、又、お世話になるかもしれません。