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条件にマッチしたものがあれば、タグを付けるようにしているのですから、複数
条件にマッチするものがあれば、重複します。


タグによる色付けが、複数可能にならないとか、変更できないのは別として、フ
ィルタの条件設定が矛盾しています。
「件名」指定を優先するのであれば、最初から重複しないように、条件設定すれ
ばいいのではありませんか。

もし、重複した場合でも、タグを変更（タグの削除など）にしたいのであれば、
以下のアドオンを利用する方法があります。
　＃ご希望の内容が、可能かどうかは確認していません。悪しからず。
FiltaQuilla :: Add-ons for Thunderbird
Tag Toolbar :: Add-ons for Thunderbird
Tag Dialog :: Add-ons for Thunderbird

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kiki様　
早速のお返事、有難うございます。

フィルタの条件設定が矛盾していても回避する方法が浮かばなくて
単純にタグを消して新たなタグを付ければ・・・と考えた次第です。

アドオンの紹介、有難うございました。
1つ目の｢FiltaQuilla｣で目的を達する事ができました。

全て英語でしたが、何やらフィルタの検索条件？を色々追加出来るみたいで
その中に、｢Remove Tag｣と言うのがありチェックを入れると
フィルタの動作選択の中にRemove Tagが選択できるようになりました。

動作確認すると、一旦タグAが付いて直ぐにたぐBが付き、色分けも正常に表示
してくれました。

本当に有難うございました。

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横から失礼します。もうご覧になっておられないかもしれませんが......。

アドオンを使った解決法で満足されているなら、それはそれでかまいません。アドオンを使わないと実現できない特殊なケースもありますから。
しかし、条件付けの勘所をつかめば、アドオンを使わず標準のメッセージフィルタだけでも、今回のケースを含めてかなりのことに対応できるはずです。（アドオンに依存しない分だけ、内部的な負荷も軽減できるでしょうし...。）

そんなわけで、お節介かとは存じましたが、フィルタ設定の一例を挙げてみます。よかったら参考にしてください。

今回の場合、ひとつのメッセージに複数の条件が一致して複数のタグが付いてしまう曖昧さがないよう、最初から厳密に条件を指定し、一つずつ付けるタグを指定していくことが要点かと思います。例えば ――

【フィルタ1】
[すべての条件に一致]
+ [ドメイン（差出人のメールアドレス？）] -- [に次を含む] -- [ドメイン（メールアドレスの＠以降？）]
+ [件名] -- [に次を含まない] -- [ｘｘ]
　　↓　以下の動作を実行する
タグＡを付ける

【フィルタ2】
[すべての条件に一致]
+ [件名] -- [に次を含む] -- [ｘｘ]
+ [ドメイン（差出人のメールアドレス？）] -- [に次を含まない] -- [ドメイン（メールアドレスの＠以降？）]
　　↓　以下の動作を実行する
タグＢを付ける

―― このように、干渉しそうな相手方の条件を除外し、各フィルタごとに厳密な条件付けをおこないます。

その上で、フィルタ1 の条件とフィルタ2 の条件が重なった場合の対処を個別に設定します。

【フィルタ3】
[すべての条件に一致]
+ [ドメイン（差出人のメールアドレス？）] -- [に次を含む] -- [ドメイン（メールアドレスの＠以降？）]
+ [件名] -- [に次を含む] -- [ｘｘ]
　　↓　以下の動作を実行する
　（Ｘ）

（Ｘ）はご希望によって定義内容が変わります。

（i）フィルタ1 の条件を優先し、それと同等のタグ付けをしたい場合
「タグＡを付ける」設定をしてください。

（ii）フィルタ2 の条件を優先し、それと同等のタグ付けをしたい場合
「タグＢを付ける」設定をしてください。

（iii）両方に一致したことを示す独自のタグ付けをしたい場合
「タグＣを付ける」設定をしてください。

今回のご要望では、（ii）を選択することになるでしょうか。
バリエーションとしては、「メッセージにスターを付ける」を併用することで、フィルタ2 だけでなくフィルタ1 にもマッチしていることを付随的に示すこともできるでしょう。

なお、フィルタ1 とフィルタ2 だけ設定し、フィルタ3 を設定しないと、両方に一致したものはタグがつきません。

上記はあくまで一般論です。これを応用するなら、ご希望に応じて適切なアレンジを施してください。

以上です。当方がご質問の趣旨を読み違えていて、まったく的外れな話になっていたらすみません。

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