「ヘッダのみをダウンロード」する設定にしてあり、必要なメールのみをダウンロードしています。
v12.0にアップデートされてから、本文をダウンロードすると、受信トレイの先頭にあるメールが表示されるようになりました。
いちいちスクロールバーで下げねばならず、また、ダウンロードしたのに内容が表示されません。
クリックすると表示されます。
受信トレイの先頭にあるメールを移動させると、先頭へとんでしまうことはなくなりましたが、ダウンロードした内容はクリックしないと表示されません。
件名を見ただけでは、どのメールをダウンロードしたのかわかりません。

最適化・フォルダを修復・インデックスファイルの初期化・Thunderbird のセーフモード起動・Thunderbird の再インストール
↑すべてをおこなってみましたが、改善されませんでした。

12.0をアンイントールして11.0.1をインストールしなおし、元の正常な動きに戻りました。

環境
Windows7 professional
Service Pack 1
64ビット
WindowsXP互換で動作する
管理者権限で動作する

　
Thunderbird の新規プロファイルの追加作成と、その適用をおこなってみてください。
　＃真っ新な新規プロファイルで、アカウント設定も初期からおこないます。
　＃現行のプロファイルから、一切データ類は移行・コピーなどしない方法という
　　意味です。
　＃もちろんアドオン（拡張機能・テーマ類）も一切入れない状態です。

[参照]
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
　

ご連絡ありがとうございました。

v11をアンインストールしProfileを読み込みしないようにリネームしてからv12をインストール
プロファイルを新規作成
↑以上のようにインストールしてみました。

ヘッダのみを受信する設定に変更
ヘッダのみが受信されたメールを「本文をダウンロード」してみましたが、やはり同じ結果で、受信メールの先頭にとんでしまいました。
ダウンロードしたメールの本文も、件名をクリックしないと表示されませんでした。

　　
新規プロファイルでも再現した件、了解しました。

「受信メールの先頭にとんでしまう」や「ダウンロードしたメールの本文も、件名をクリックしないと
表示されませんでした。」という現象が、今ひとつよくわかりません。

がしかし、以下の類似らしきバグが登録（現在は未確認として報告）されています。
英語なので読み解くのが少々難解ですが、ほぼ同じ現象になるでしょうか。

749147 – Wrong message is opened after downloading a message whose header has been previously fetched.
748865 – TB 12: Message Body not loaded when using "Fetch Headers Only" if message is in a sub-folder
　

引き続き、ご連絡をありがとうございます。

英語力に乏しい為、なんとなくではありますが、
748865 – TB 12: Message Body not loaded when using "Fetch Headers Only" if message is in a sub-folder
こちらに書かれている現象に似ていると思います。

v11.0.1に戻しますと発生しませんので、とりあえずv11.0.1を使用いたします。

　　
Bug 748865 の担当者が割り当てられて ASSIGNED となり、パッチが提出されました。

以下に、そのパッチを適用したトライビルドが用意されています。
テスト環境のある方は、これを利用して試してみるといいでしょう。
（Windows、Mac OS X 各 OS 版 - zip、bz2 & installer）
Index of /pub/mozilla.org/thunderbird-test/try-b ... enture.com-5a61186c4096/try-comm-central-linux
　

　
Bug 748865 は修正パッチがチェックインされて RESOLVED FIXED となりました。

早ければ、近日中にリリース予定の次期バージョン 12.0.1 で直るでしょう。
リリースされたら確認してみてください。
　

v12.0.1を更新しましたら改善されていました。
お世話になりました。
ありがとうございました。