デスクトップ画面の右下に出る「新着メッセージ」を知らせるアイコンが、メッセージを開いて読んだ後も消えずにずっと残っています。
先週からこうなってしまいました。
「ツール」の「オプション」から設定し直しても改善されません。
どうしたらよいでしょうか？
お知恵をお借りできると幸いです。

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読んでその内容を理解した上で
　それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として正確な OS の種類と Thunderbird のバージョンぐらいは
　書き添えましょう。
＊質問・投稿する前に、製品のヘルプやサポートサイトで検索・閲覧・確認してみま
　しょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。
　
　
とりあえず、以下の基本的なトラブルシューティング対処を順番に試してみてください。
そして、その結果を教えてください。
これでも再現する場合は、Thunderbird 以外の問題の可能性が高いと思われます。

[基本的・定石的なトラブルシューティングの対処方法]
１．Thunderbird のセーフモード起動
２．Thunderbird の新規プロファイルの追加作成とその適用
３．Thunderbird の再インストール

[参照]
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ

[セーフモード起動の補足]
Thunderbird 5.0 以降では、セーフモードの実行方法が変更・追加されています。
（A）起動中の Thunderbird からセーフモードで再起動する場合
　　　メニューの [ヘルプ] -> [アドオンを無効にして再起動] を実行してください。
（B）終了している Thunderbird をセーフモードで起動する場合
　　　Windows:
　　　[Shift] キーを押したまま、通常の手順でスタートメニューやデスクトップの
　　　アイコンから起動してください。
　　　Mac OS X:
　　　option キーを押しながら Thunderbird を起動してください。
　　　Linux:
　　　ターミナル を開いて次のコマンドを実行します: thunderbird -safe-mode
　　　Thunderbird の絶対パスを指定する必要があるかもしれません。
　　　 (例： /usr/lib/thunderbird)
（C）従来どおりのコマンドオプションの -safe-mode を付けた起動も有効です。

いずれの場合も、[Thunderbird セーフモード] というダイアログが表示されます。
どの項目もチェックをつけないで [セーフモードを続ける] ボタンを押してください。
　

kikiさま


丁寧なコメントをありがとうございます。
至らぬ点が多々あり、ごめんなさい。
OS環境は「Windows７ home premium」です。
Thunderbird のバージョンは「12.0.1」です。

トラブルシューティング対処の方法をお教えいただき、ありがとうございました。

実は、本日５通の新着メールが届きましたが、いずれの場合でも、メールを読んだ後に「新着メッセージ」通知は消えました。
なぜなのかは分かりません……
もしまた表題のトラブルが起こった際は、教えていただいた手順で試してみます。

このトラブルと時期を同じくして、社内でいわゆる「クラウド」を導入したのですが、それと何らかの関係があるのでしょうか。
こちらも詳しくないのでなんとも言えないのですが……

ともあれ、現時点では快調なようです。
ご教授に感謝申し上げます。

　
問題の現象が再現しなくなった件、了解しました。
再現した際には、ぜひ前述のトラブルシューティングをおこなってみてください。


【補足】
「新着メッセージのデスクトップ通知機能」は、Thunderbird と OS の共同作業になります。

新着メッセージを受信すると Thunderbird がそのイベントを OS に通知します。
そのイベント通知を受け取った OS がタスクバーに通知表示をおこないます。
よって、Thunderbird と OS のどちらかに不具合や不安定な状態があると、正常に機能しな
くなる可能性があります。

必ずしも Thunderbird に問題があるとは限らないケースもあります。
OS 自体あるいは OS と連携している他のアプリケーションや他のシステムの影響が問題を起
こしている可能性もあります。

先に紹介したトラブルシューティングは、その切り分けをおこなうができるので有用な方法で
す。また、今回のようなケース以外でも多くの問題場面で切り分けができるので有用です。
　
尚、バージョン 12.0 では、新着メッセージの通知に関するバグがありましたが、先日のアッ
プデートによる 12.0.1 で修正されました。
[参照]
Thunderbird 12.0.1 リリースノート
MozillaZine.jp » Thunderbird 12.0.1 がリリースされた

　
【余談】

わかりません。
社内のシステム担当部署か担当者にお尋ねください。
　＃ここで質問することではないでしょう。