重要保存のフォルダを作成していましたが、アーカイブのボタンを押したら
全て消えてしまいました。
どこに保存されているのでしょうか？

特に保存先のフォルダ等、設定していませんでした。

ご指南頂けます様、宜しくお願いします。

バージョンは下記となります。
　Thunderbird　11.0

　
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について を読んでその内容を理解した上で
　それに沿って投稿しましょう。
＊質問・投稿する前に、製品のヘルプやサポートページで検索・閲覧・確認してみまし
　ょう。
＊ご自分の利用環境として OS の種類ぐらいは書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後には結果や経緯を必ず書くようにしましょう。
　
　
アーカイブしたメッセージはアカウント設定内の [メッセージの保管] の [アーカイブオプション]
で設定されたフォルダに保管（移動）されます。

以下のガイドを参照してください。
[参照]
メッセージの整理 | 使い方ガイド | Thunderbird サポート
メッセージの保管 | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ