Ver.11.0にアップデートしたらメッセージフィルタが問題を起こす。
受信メッセージを受信フォルダの下にある任意フォルダにメッセージフィルタを利用して保存しているが、別のフォルダの下に入れるとフォルダを移動できるが、メッセージフィルタも内容が変更される。しかし、そのメッセージフィルタのフィルタ名より下にあるフィルタ名の内容は全て移動したフォルダ位置と同じ内容に書き換えられてしまう。

説明が曖昧でした。正しくは、
Ver.11.0にアップデートしたらメッセージフィルタが問題を起こす。
受信メッセージを任意フォルダにメッセージフィルタを利用して保存している。この任意フォルダを別の場所（別フォルダの下など）に移動すると、移動先フォルダに変更される。しかし、このフィルタ名以降のフィルタ名にそれぞれ指定されているフォルダ名が移動先フォルダ名と同じ内容に書き換えられてしまう。

　
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おそらく以下のトピックと同じでしょう。
MozillaZine.jp - Thunderbirdのフィルタがおかしい