そうなる直前に何かありませんでしたか?
例えば Thunderbird をアップデートしたとか、アドオンを入れたor削除したとかなどです。
またプロファイルは以前から同じものを使い回していませんか?
おそらくフォルダペインの統合フォルダ用のインデックスファイルに不整合が起きたか、壊
れたか、認識できない状態になっていると思われます。
以下の対処を順番におこなってみて改善されるか試してください。
そして、その結果を教えてください。
【対処1:インデックスの最適化】
統合フォルダの「受信トレイ」を右クリック > [プロパティ] > [検索フォルダ 受信トレイ
のプロパティを変更]ウィンドウ > [更新] をクリックして実行する。
念のため、Thunderbird を再起動して確認。
【対処2:】
対処1でも改善が見られない場合は、インデックスファイルを削除して初期化(再生成)し
ます。
Thunderbird を終了させます。
以下の場所にある Inbox.msf(受信トレイのインデックスファイルです)を削除または別の
場所に移動する。
[Windows Vista]
C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\<profile folder>\Mail\smart mailboxes
その後、Thunderbird を起動して確認。
[注意事項]
注1:<profile folder> は標準なら xxxxxxxx.default という 8 桁のランダム英数字名と
.default の拡張子名を組み合わせた名称になっています。
注2:Windows Vista/7 の "AppData" フォルダは隠し属性です。
エクスプローラの「フォルダオプション」→「表示」→「詳細設定」の「すべての
ファイルとフォルダを表示する」あるいは「隠しファイル、隠しフォルダー、およ
び隠しドライブを表示する」をチェックすればエクスプローラ上で表示可能になり
ます。
注3:エクスプローラの「フォルダオプション」→「表示」→「詳細設定」の「登録され
ている拡張子は表示しない」のチェックをはずせばエクスプローラ上ですべての拡
張子が表示可能になります。
[参照]
プロファイル | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ