Thunderbird 側での迷惑メールの「削除」に関する設定は、次の 2 カ所でコントロールできます。
(1)[アカウント設定] -> [(各アカウント)] -> [迷惑メール]
(2)各フォルダの [右クリック] -> [プロパティ] -> [保管ポリシー]
POP の場合は、これらの設定で迷惑メールの自動削除がコントロールされ、削除時には [ごみ箱] に移動されるのではなく直に消去されます。
ただし、削除や移動などのメッセージ管理をアドオンでコントロールしているような場合は、アドオン側の仕様・設定によって動作が影響されることはあるかもしれません。
一方、IMAP の場合、Thunderbird 側の基本動作は同様ですが、サーバ側との同期が常時おこなわれますので、サーバ側の仕様・設定内容などの影響を強く受けます。
合わせて、今回のケースでは次の諸点にも注意が必要だと思われます。
Yahoo! JAPAN の「IMAPアクセス機能」は現在、全面的に提供されているものではなく、利用可能なユーザー層を順次拡大している途上であり、仕様上の制約も明記されています。
Yahoo!メール ヘルプ さんが書きました:
■IMAPアクセスのサポート環境
IMAPアクセスは、iPhone、iPod touch、iPad、Android端末(Xperia、Desireなど)など、IMAPアクセス対応のモバイル端末で利用できます。
【注意】
メールソフト(Outlook、Becky!、Thunderbirdなど)でご利用の場合は、サポート対象外となります。
http://help.yahoo.co.jp/help/jp/mail/mo ... le-19.html
ご質問の挙動を文面から推測する限りでは、まず Yahoo! の IMAP サービスの仕様(制限事項含む)や設定をお調べになったほうがいいように思います。(新しいサービスなので、もしかしたら予期せぬ不具合を抱えている可能性も否定できませんし...。)
とりあえずわかる範囲ですが以上です。外してたらすみません。