まず標準では左側のフォルダペイン(アカウント別フォルダツリー表示の場所)にはアカウント別
に表示されます。
それがローカルフォルダだけであれば、そのように設定変更したか、どこかに問題があります。
まず以下のヘルプガイドを読んでアカウントを「共通受信トレイ」に統合していないか確かめてく
ださい。
Thunderbird ナレッジベース - 共通受信トレイを使わず、アカウントごとにメールボックスを管理するには
Thunderbird ナレッジベース - 共通受信トレイ
次に「迷惑メール」フォルダは迷惑メールの判定・指定を実行しないと迷惑メールはそこに移動し
ません。
フィルタログを有効にして履歴を確認してみてください。
それでも改善されない場合はプロファイルに不具合が起きているか、インストールが正常にできて
いない可能性があります。
以下のトラブルシューティングをおこなって切り分け&対処してください。
Mozilla Thunderbird 6.0.2 リリースノート - トラブルシューティング
セーフモード | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | 操作方法 | Thunderbird ヘルプ
また設定した内容が保存されない問題は改善されましたか?