横から失礼します。
Windows XP SP3(32bit)上の Thunderbird 3.1.10 + Internet Explorer 8(以下、IE8 と略記) の組み合わせで試してみました。
IE8 をシステム既定のブラウザにした上で、Thunderbird 3.1.10 で受信したメールに記されているリンクをクリックしました。
*IE8 が起動していないとき
リンクをクリックすると IE8 が起動して当該リンクのページを開きました。そのとき IE8 のアドレスバーには当該リンクの URL が表示されています。
*IE8 が起動しているとき
リンクをクリックすると、起動中の IE8 で新しいタブが開いて当該リンクのページを開きました。そのとき IE8 のアドレスバーには当該リンクの URL が表示されています。
異なるリンクをいくつか試しましたが、当方の環境ではご質問のような現象は再現しませんでした。
リンクの形式は、
http://mozilla.jp/
Mozilla Japan
でも同じ結果でした。
いまの段階でひとつ考えられるのは、Thunderbird に入れたアドオンが影響していないかどうかです。
もしリンク関係の動作を拡張するアドオンが入っているなら、それがあやしいかもしれません。
下記のサポート記事を参考に、Thunderbird をセーフモードで起動してリンクの動作を確認してみてください。
(参考 - Thunderbird ヘルプ)
・
セーフモード
(注:ページ上、「Firefox ヘルプ」となっていますが Thunderbird の記事です。……まだ直ってませんね。)
それで問題が再現されないなら、アドオンのどれかが原因でしょう。問題のアドオンを特定して対処(削除、更新、設定の見直しなどを)してください。
それでも問題が再現されるなら、別のところに原因があることになります。Thunderbird 本体か、OS か、IE8 か......。
Thunderbird で試すなら、一時的にテスト用の新規プロファイルを作り、最小限の設定を施してリンクの動作だけ確かめてみてください。問題点を切り分けていけると思います。
(参考 - Thunderbird ヘルプ)
・
複数のプロファイルを使用する
・
プロファイル
直接的な解決策ではありませんが、とりあえず...。外してたらすみません。