受信したメールが受信トレイに入らずに、アーカイブのごみ箱に入るようになりました。
何気なしにメッセージフィルタをいじったのが原因かも知れません。


それと送信メールで漢字が文字化けします文字エンコーディングで変更しても直る時と直らない時とあります。

勝手なお願いですいませんが直す方法を教えて下さい。

※質問するときは、フォーラムの利用について [投稿する前にお読みください] に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョンといった使用環境についての最低限の情報を書き添えるか、投稿用テンプレート の利用をお勧めします。


「アーカイブのごみ箱」というのがよくわかりませんが、受信操作をしたあと、メッセージが [受信トレイ] に入らず別の場所に入ってしまうということですよね。
Thunderbird の初期設定では、受信操作のあとは [受信トレイ] に入るのが普通です。
「メッセージフィルタをいじった」ことに原因があると思われるなら、その「いじった」フィルタをいったん削除してみてください。
　　｜ 最後の手段としては、メッセージフィルタを完全に初期化することもできます。
（参考）すでにご覧になっておられるかもしれませんが、いちおうお約束なので...。
・Thunderbird ナレッジベース - 受信したメッセージを条件によって振り分けるには
・Thunderbird サポート - 使い方ガイド - メッセージの整理 > メッセージを自動で振り分ける


ご存知のように、電子メールの文字化けは大別して次のような原因によって起こります。
（1）受信側に主な原因がある
（2）送信側に主な原因がある
（3）経路上のサーバに主な原因がある
（4）それらの組み合わせによる

文字化けの原因、そのパターンは多様なので、"万病に効く特効薬" 的な対処法はありません。
（1）の場合は、受信側のメールクライアント（Thunderbird など）を操作することでだいたい解決できますが、（2）～（4）の場合は受信側の努力だけでは解決できない場合があります。

文字化けの解決は、どのようなパターンで文字化けが発生しているかを分析しながら、どこに原因があるかを探っていき、主原因があると思われるところを改善しないと根本的には改善されません。
yukiguni さんのところで発生している文字化けの状況を具体的に追記していただければ、もしかしたらアドバイスできることがあるかもしれません。

しかし、根本的な解決は後回しでいいからとにかく文字化けしたメッセージを読みたいという話なら、文字化け修復専用のソフトウェアを試してみるのもひとつの方法です。（必ず修復できるとは限りません。）
（一例）Windows 用です。
・"MBaker2" 文字化けメール解読ツール

とりあえず以上です。外してたらすみません。

偶然的通行人　様

メッセージフィルタを適当にいじりましたら直りました、ありがとうございます。
文字化けはこれからやってみます。