受信メールが未読・既読関係なく
タグが勝手に付いてしまうことがあります。
どのような原因が考えられますか？

　
件名では「タグが勝手に変わってしまう」ですが、本文内容では「タグが勝手に付いてしまう」ですね。
どちらですか？
両方の現象ですか？


設定もしていないのに勝手にタグが付く（変わる）ことはありません。


１．メッセージフィルタで受信メッセージに対してタグ付け（変更）するように設定している。
２．アドオンあるいはスクリプトなどで受信メッセージに対してタグ付け（変更）するようにしている。
３．その他（Thunderbird 本体側が壊れている、プロファイルが壊れている、他のアプリケーション等の仕業・・・）

上記の１．２．でも無い場合は、Thunderbird のセーフモード起動や新規プロファイルなどで再現するか試して確
認してみるのをお勧めします。（問題の切り分けをすることができます）
[参照]　
Mozilla Messaging / ナレッジベース / セーフモード
Mozilla Messaging / ナレッジベース / プロファイル
Mozilla Messaging / ナレッジベース / 複数のプロファイルを使用する
Mozilla Thunderbird 3.1.7 リリースノート - トラブルシューティング