Thunderbird Ver.2からVer. 3.1.2にアップデートしたところ，POP,SMTP共に「タイムアップ」でサーバーに接続できません．Ver.2では何の問題もありませんでした．
Ver.up後に受信しようとすると
「警告　サーバpop.nifty.comとの接続はタイムアウトになりました．」
が出ます．
送信しようとすると
「メッセージの送信エラー　メッセージを送信できませんでした。
SMTP サーバ smtp.iam.ne.jp との接続がタイムアウトになったため、メッセージを送信できませんでした。再度試すか、ネットワーク管理者に問い合わせてください。」
が表示されます．

本体はMac OSX 10.6.4です．
接続環境は
ISPがniftyではなく他社回線です．SMTPはISPが指定しているように
POPは@niftyのサポート情報に従い@niftyのPOPを設定しています．

Thunderbird のアップデートの後ということで、おそらくセキュリティソフトが通信を遮断しているのではないでしょうか？
セキュリティソフトから見るとアップデートであっても別ソフトとして認識されますので、ソフトによっては再度通信を許可してやる必要があることがあります。

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[Desktop] Windows 10 Pro 22H2 (64bit) / Intel Core i7-2600 / Nvidia GeForce GTX 1650 GDDR6 / 32 GB Memory
[Laptop] Windows 10 Pro 22H2 (64bit) / Intel Core i5-520M vPro / Intel HD Graphics / 8 GB Memory
[Android] Android 13.0 (arm64) / Xperia 5 III (XQ-BQ42)
常用環境: Firefox ベータ版、リリース版 (Win64 x86-64, Android), Thunderbird ベータ版、リリース版 (Win64 x86-64)
テスト環境: Firefox (ESR, Nightly, Win64 x86-64, Android)
Cai/1.0 (Homo sapiens; N; Homo sapiens chemist; male; rv:0.0.4.2+)
-- いつまでたっても nightly

Caiさん，ありがとうございます．

家族名でログインしてその本人のアカウントからは送受信問題なくできています．
セキュリティーソフトも，ファイヤウォールなど切れるだけ切ってみましたが，自分のアカウントのみ「タイムアウト」になってしまいます．

自分のアカウントを削除したりフォルダごと捨てたり，再インストールしてみたのですが，やはりタイムアウトになってしまって．Macのバンドルソフト「Mail」で一時しのいでいます．

ここは諦めも肝心なようですね．．．