Hideさん返信が遅くなってしまい申し訳ありません。
フォアグラウンドにあるとバウンドしないのは以前からだと認識しているのですが、
やはりバックグラウンドでもバウンドしないです。
実際自分宛にメールを送って、ひたすら画面下（Dockのある位置）を見ているのですが、
まったく反応しないです。

なぜか今日になってバウンドの件以外にも複数の不具合が出だしたので、
もう2.0.0.23にダウングレードしました。
根本的な解決にはなっていないので、このスレはロックせずに残しておきます。
Hideさん、色々とありがとうございました。

Growlに通知されない件についてですが、こちらでも同様の現象が起こっていて、
解決できたのでメモしておきます。

環境設定→詳細→設定エディタ…で、
mail.biff.show_alertを探し、trueに変更すると、通知がされるようになります。

情報元はこちらです。
http://forums.cocoaforge.com/viewtopic.php?f=6&t=21128