問題の原因と、対処方法は先に書いたとおりです。
当初の問題は、解決されたようですので、ここでは、追加補足を加えます。


【追加補足：共通受信トレイについて】
１．web.archive.org に、過去のナレッジベースが保存されていましたので、参考までに
　　以下にリンクを紹介しておきます。
　　特に、注意点として説明されている内容は、重要です。
　　何度も、じっくり読み返して、しっかり理解をすすめてみましょう。

　　共通受信トレイ | Thunderbird サポート

　　[上記のスクリーンショット]

２．共通受信トレイの設定操作の手順を、動画と音声でガイドしたサイトがありました。
　　参考までに、以下に、そのサイトページを紹介しておきます。

　　Thunderbird　メッセージを共通の受信トレイで管理する


KISHIDA Tetsuya さんのケースでは、共通受信トレイを適用と解除をされています。
その都度、POP アカウントのメッセージが、あるいは、ローカルフォルダにあったメッセ
ージが、自動移行されるわけではないことを、この機会に理解しておきましょう。

元々の場所（トレイやフォルダ）にあったメッセージがない、と云われるのは、このため
です。
事前準備（メッセージの移動やメッセージフィルタの変更など）をおこなってから、共通
受信トレイを適用しないと、そういう事態に陥ります。
共通受信トレイを解除する際も、同様です。

結果として、迷子メッセージを作らないためにも、この機会に、しっかりと勉強しておき
ましょう。
云い方を変えると、ご自分で面倒をみれる理解と自信がなければ、手出ししないことです。

Thunderbird で利用している POP アカウントの数が少数ならば、あえて共通受信トレイ
にする利点は、さほど大きくないでしょう。
フォルダペインのスペースを、大きく取ることもありません。

注：IMAP アカウントは、対象外です。


【見えなくなったメッセージを取り戻す方法】
共通受信トレイの適用と解除で、見失ったメッセージをどうやって取り戻すかの方法です。

Thunderbird は、ユーザが意図してメッセージを削除したり、そのような設定をおこなわ
ない限り、メッセージがなくなるということはありません。
通常は、トラブルなどがなければ、メッセージデータは残っています。
　＃外部アプリケーションが、手出しをして、削除してしまうのは除外します。

私は、実際に見失った経験がないので、断言はできませんが、Thunderbird の各種検索機
能を利用・駆使して、見つけ出して、保管しておきたい場所（トレイやフォルダ）に移動さ
せるのがいいでしょう。

以下に、各種検索機能のガイドページへのリンクを紹介しておきます。
　＃他にもあるかと思いますので、ご自分で検索するなどして調べてみましょう。

よく読んで、落ち着いて、慌てずに、じっくり取り組んでみましょう。
わからないことがあれば、遠慮なく質問してください。
（別途、新規トピックでお願いします）

メッセージの検索 | 使い方ガイド | Thunderbird サポート
検索フォルダ | Thunderbird サポート
グローバル検索 | Thunderbird ヘルプ
検索機能のキーボードショートカット | Thunderbird ヘルプ


Thunderbird のプロファイル内にあるメッセージファイルを、取り出して、ファイルの
コピーや移動作業で、復元する方法もありますが、しくみ（仕様）や構造を理解されてい
ない方には危険なので、お勧めしません。

注：IMAP アカウントの場合は、異なります。


【注意事項：ローカルフォルダの扱いについて】
KISHIDA Tetsuya さんは、ローカルフォルダをどのように扱っておられるか不明ですし、
プロファイルが、破損している可能性も、排除できません。
この機会に、ローカルフォルダの扱いについて、注意事項として、わかる範囲で補足を加
えます。

１．ローカルフォルダは、POP でも　IMAP でもなく、特殊なアカウント（削除不可）
　　通常のアカウントとは異なる利便性（機能）を持たせたアカウント（フォルダ）です。
　　特殊なアカウント（フォルダ）であり、差出人（メールアドレス）もなければ、送受
　　信サーバもありません。

　　アカウント設定内のローカルフォルダの箇所には、「特殊なアカウント」と書いてあ
　　ります
　　設定項目も、通常の POP や IMAP アカウントのそれと見比べたら、まったく異なる
　　のが、見てとれます。

　　ですので、通常のアカウントと同様仕様ではないことを理解した上で、利用すること
　　です。
　　仕様上の標準（デフォルト）で存在するものですので、不要だからと、削除しないこ
　　とです。（通常は、削除できない仕様です）

２．ローカルフォルダのアカウント名は、書き換えない（変更しない）。
　　共通受信トレイの利用の有無や、アカウント管理を把握されていない場合、メッセー
　　ジフィルタなどの各種機能を利用される際に、間違いを起こしやすくなります。

　　既存の通常アカウントと同名のアカウント名にすると、かえって混乱を起こす元にな
　　ります。
　　利用している POP アカウント名に書き換えて、区別がつかなくなるようならば、や
　　めておくべきです。

　　また、Thunderbird のアップデートや、仕様変更、アドオンにより、トラブルを起こ
　　すリスクを伴うかも知れません。
　　ご自分で対処できない事態に遭遇しないためにも、むやみに変更しないほうがいいで
　　しょう。

３．運用上で工夫してみる
　　フォルダペイン内でスペースを取るから、コンパクトにしたい場合は、おりたたんで
　　おき、必要に応じて開く（展開）するなど、運用上で工夫しましょう。
　　別途、CSS で非表示するに方法もあったりしますが、あまりお勧めしません。

　　特に、利用しているアカウント数が少ない場合は、フォルダペイン上も、あまりスペ
　　ースも取らないかと思います。
　　レイアウトも、クラシック以外を試してみるのも方法です。

　　アカウントに関係なく、あるいはアカウント共通のメッセージを処理したい場合に、
　　利用するなど、その利用方法を工夫してみるのもよろしいかと感じます。


【余談】
失礼ながら、あえて、繰り返し苦言を申し上げます。

「御社」という表現をされていますが、ここは、ユーザコミュニティの MozillaZine.jp で、
Thunderbird をはじめとする Mozilla 製品の開発元・配布元ではありません。
勘違い・誤解をされないように、ご留意ください。

コメント投稿時に、むやみに文字サイズの拡大や太字などの修飾編集をされないようにお願
いします。
加齢や、視力の衰えから、文字が読みにくい方は居られますが、一般的には、それらは読み
手側が、ご自分の環境に応じて、工夫・対応するものです。

この機会に、どの世界にもあるように、作法・マナーを、知って、学んで、活かしていただ
くと、よろしいかと感じます。

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