問題の切り分けのために必要なこと、ということで、承知いたしました。

新しいプロファイルで新しくアカウントを設定した場合のメール受信時に発生した現象だったはず。
つまり、サーバーに初めてPOPアクセスし、サーバーのメールボックスのメールをすべて受信しようとした際に発生したわけです。
同じ状況をもう一度作った際に再現されますか？ということです。
　↓
本日7/14、POPアクセスし1,082件　6/26～7/14のメールを受信しました。
前回のような警告メッセージの現象はありませんでした。

そしてその状況を他のメールアプリで行った場合でも発生するのかを確認してください。
　↓
本日7/14、outlool2024で試してみました。初期設定がIMAPに設定されていて、POPに変更できなかったのですが、914件、6/30～7/14のメールを受信しました。

ところでサーバーから受信しようとしたメール件数はどれだけになっていましたでしょうか。
ステータスバーに表示されていたと思います。
　↓
前述の通り、
Thunderbirdは、1,082件　6/26～7/14
outlool2024は、914件　　6/30～7/14
件数の違いは、サーバに残している期間の違いなのかと思われます。

結果は以上になります。
よろしくお願いいたします。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/138.0.0.0 Safari/537.36 Edg/138.0.0.0

IMAPとPOPでは処理が違うので比較にはならないのですが…そして最初のPOPで14日でサーバーから削除する設定（デフォルト値）だったのでしょう。
最初と同じ条件での確認は不可能になったようです。
Can't open the message file - it's gone!
に関しては不問としましょう。

_________________
Mozilla/5.0 (Android 12; Mobile; rv:140.0) Gecko/140.0 Firefox/140.0

早速にありがとうございます。

outlookの設定がわかりにくくて、いえ、私がoutlookをはじめて使ってみているので、POPに設定変更することができずにいます。マイクソフトのヘルプぺージを見ているのですが、これもわかりにい(-_-)

Can't open the message file - it's gone!
に関しては不問とすることで、わかりました。

まだまだ、これから出来ることをしたいと、頑張りたいと思います。

_________________
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/138.0.0.0 Safari/537.36 Edg/138.0.0.0

さくらインターネットのサーバーが返してきたエラーに関しては再現しないのでスルーして、
話を「2025年7月10日(木) 18:40」投稿まで戻します。


以前から、ThunderbirdのPOPアカウントでデフォルト設定の
----
✓ ダウンロード後もサーバーにメッセージを残す
　✓ ダウンロードしてから [ 　14 ] 日以上経過したメッセージは削除する
　✓ ダウンロードしたメッセージを削除したらサーバーからも削除する
----
で運用されてきたのだろうことがわかります。

さくらインターネットの設定が3週間だろうと、Thunderbirdの方から削除コマンドを送っていますので3週間分ではなく2週間分なのは当然です。

ちなみに、「新しいプロファイルで Thunderbird の動作確認する方法」では、注意点として下記を記載しております。
では、やっと本題に戻るとしましょう。

新しいプロファイルで確認したら、とはなっていなかった、ということでよろしいでしょうか。

そうしましたら、元のプロファイルからメールデータをインポートしてどうなるかを見ることになります。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:140.0) Gecko/20100101 Firefox/140.0

インポートの手順ですが、以下でお願いします。

1. Thunderbird を起動し、メニュー＞ツール＞「設定とデータのインポート」を選択してウィザード画面を開きます。
2. ステップ1：「別にインストールした Thunderbird からインポートする」を選択します。
3. ステップ2：「◯◯◯ プロファイルからインポートする」（ご自身の元のプロファイル）を選択します。
4. ステップ3：インポートするコンテンツとして「アドレス帳」と「メールメッセージ」だけにチェックを入れます。
   ※ここで「アカウントと設定」を選んでしまうと、せっかく新しいプロファイルから設定したのが台無しになってしまいます。
5. 選択内容を確認し、よろしければ「インポート開始」をクリックします。
6. インポートが終わって「完了」をクリックすると、Thunderbird が再起動して「ローカルフォルダー」の下に「Thunderbird インポート」というフォルダーが作られ、その下にインポートしたメールがフォルダー構造そのままで入ります。
7. アドレス帳も上書きされないようにしてインポートされます。

メールデータをインポートした後でフォルダーのメッセージリストの表示はどうでしょうか。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:140.0) Gecko/20100101 Firefox/140.0