※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。投稿時に使われたブラウザのユーザーエージェント（UA）から、Mac OS X 10_14_3 の環境、バージョンは明記されていませんが現時点で最新の Thunderbird 60.5.1 だと仮定します。
当方、Windows ユーザーなので、Mac 版の Thunderbird のメニュー項目などの表記は詳しく知りません。Windows 版 Thunderbird 60.5.1 を前提に書きますので、そのあたりは類推して解釈してください。
shoe さんが書きました:
Thunderbirdで複数のヤフーメールを管理しているんですが、いくつかのアカウントのメールが総受信トレイに出てきません。
Thunderbierd の機能に「総受信トレイ」という名称のアイテムはなかったと思うのですが、もしかして「統合フォルダー」表示のフォルダーペインにあるルート（根本／親階層）の [受信トレイ] のことでしょうか？
[三] 型のメニューボタンから [フォルダー] -> [統合フォルダー] 、またはメニュ―バーから [表示] -> [フォルダー] -> [統合フォルダー] が選択されているとき、Thunderbird のメインウィンドウの左縦のフォルダーペインの表示状態は [統合フォルダー] 形式で表示されます。
（[三] 型のメニューボタンから [オプション] -> [フォルダーペインツールバー] 、またはメニュ―バーから [表示] -> [ツールバー] -> [フォルダーペインツールバー] を選択しておくと、フォルダペイン上部に切り替え用のバーが表示されます。）
例えば、アカウントが３つあるとき、[統合フォルダー] 表示では [受信トレイ] まわりは次のようになるはずです。
[受信トレイ] ………………… X
├ [アカウント名 A]
├ [アカウント名 B]
├ [アカウント名 C]
└ [ローカルフォルダー]
ご質問は、この X の部分（「総受信トレイ」と仰っているもの？）を選択したとき、アカウント A や B の受信メールは表示されるが、アカウント C の受信メールが表示されない...といったようなお話なのでしょうか？
もしそうなら、次の箇所を点検してみてください。
[受信トレイ]（X）を選択して、右クリックから [プロパティ]（Mac 版なら [情報を見る] だったかな？）を選択します。
すると、[検索フォルダー 受信トレイ のプロパティを変更]（同： [検索フォルダー 受信トレイ の情報を変更] ？）のダイアログが開きます。
通常、ユーザーが設定しているアカウント数に加え [ローカルフォルダー] を含んだ数が N の値になります。
┌───────────────────────────────
│ 名前：[受信トレイ（統合フォルダー）]
│ 検索対象：
N 個のフォルダーを選択しています
[選択]│
[選択] ボタンを押すと、[フォルダーを選択] というダイアログが開きます。
ここには、その時点で Thunderbird に設定され、Thunderbird が認識している全フォルダーの一覧が表示されます。
この中を調べ、「いくつかのアカウントのメールが総受信トレイに出てきません」というアカウント配下の [受信トレイ] にチェックが付いているか確認してみてください。もし、チェックの外れている [受信トレイ] があれば、そのアカウントの [受信トレイ] の内容は [受信トレイ]（X）＝ 受信トレイ（統合フォルダー）にはリストアップされません。
（逆に、各アカウントの [受信トレイ] 以外のフォルダーにチェックが付いていると、[受信トレイ] 以外の内容が [受信トレイ]（X）に表示されます。）
必要な [受信トレイ] にチェックが付いていることが確認できた、あるいは外れていたチェックを付け直したら、[フォルダーを選択] ダイアログを閉じ、[検索フォルダー 受信トレイ のプロパティを変更] ダイアログの下段にある [更新] ボタンを押します。
普通はこれで、対象となる全アカウント の [受信トレイ] 内を検索した全体の結果が、[受信トレイ]（X）を選択したとき右上のスレッドペインに表示されるようになるはずです。
要するに、検索対象のフォルダーが正しく指定され、その全フォルダー内が正常に検索できていれば、その結果が [受信トレイ]（X）にリストアップされます。
上記の手順で修正しても改善しない場合は、もっと別の原因があるのかもしれません。その場合は立ち入った点検作業が必要だと思います。
（IMAP アカウントの場合は、IMAP サーバー側との連携性をふまえた点検が必要になるかと思います。）
shoe さんが書きました:
もう1つの別タブに切り替わって検索する方の詳細検索のような検索ボックスで問題のアカウントのメールなどを検索した時はヒットしてくれます。
これはグローバル検索のことだと思いますが、グローバル検索が検索対象としているのは索引データベース（global-messages-db.sqlite）です。
索引データベースは、送受信したメールの内容をデータベース形式でコピー保存したものです。メールの送受信や移動、コピー、削除などの結果を反映してそのつど更新されますが、適正に更新が反映されなかった場合は、削除済みのメールが検索でヒットしたり、存在するメールがヒットしなかったりすることがあります。
グローバル検索は、検索・絞り込み条件が独自で高速に動作しますが、現実に存在する生のメールデータを直接検索しているわけではありません。この検索が正常に働く大前提は、"索引データベースが常に正確に更新されていること" です。
（補足１）
Thunderbird を標準状態で使っていれば、フォルダペインの初期表示は [すべてのフォルダー] だったはずです。
これは、設定した各アカウントをルートにして、それぞれの配下に [受信トレイ] や [送信済みトレイ] などのフォルダーを持ちます。
[統合フォルダー] は、Thunderbird の標準フォルダー（[受信トレイ] 、[送信済みトレイ] 、[ごみ箱] 、[下書き] など）をルートにし、その配下にアカウントごとの同名フォルダーを含むような表示になります。
[統合フォルダー] 表示のうち、これらの標準フォルダに関するルートは、一種の仮想フォルダー（検索フォルダー）として設計されていて、そのことを前提にした表示をおこないます。
ユーザーが後で作った標準外のフォルダ群は、[すべてのフォルダー] と同様アカウントをルートにして、その配下に表示されます。
つまり [統合フォルダー] 表示では、標準フォルダーとそれ以外では、表示の仕組みが異なるということです。標準フォルダー群の内容に関して、すべてのアカウントを一括して扱いたい場合は [統合フォルダー] 表示は便利ですが、送受信するメールをアカウントごとにきちんと区別して管理したい場合は、逆に紛らわしくなることもあります。
（補足２）
プロファイル内に保存された実体ファイルの構造は、IMAP と POP のアカウントの違いで最初のフォルダー分けがありますが、それらの配下は [すべてのフォルダー] 表示に準じてアカウント単位で階層が作られています。[統合フォルダー] 表示用には別途、[smart mailboxes] というフォルダーがあり、その中に [統合フォルダー] 表示に必要なファイル群が含まれていますが、メールの実体データは含まれていないのが普通です。
Thunderbird 上で [統合フォルダー] 表示を選択しているときは、標準フォルダーの階層は各アカウントの生データを検索しつつ、表示情報は [smart mailboxes] フォルダーに保存されるようになっています。
これらの情報に狂いが生じるか、アカウントまわりの設定、その変更のタイミング等に問題が生じたとき、ご質問のようなことが稀に起こります。
とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。直近の関連トピックのリンクも挙げておきます。
（関連トピック）
・統合フォルダーに受信メールが表示されなくなりました。
forums.mozillazine.jp/viewtopic.php?f=3&t=17402
（おことわり）
現在、健康上の制約により不定期な書き込みしかできなくなっています。すぐに応答できない場面がかなり多くなりますことを、ご容赦ください。
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