メッセージペインの中に、

　返信　全員に返信　転送　アーカイブ　迷惑マークを付ける…

等々の操作ボタンが右上に出ていると思います。
このボタンは、個別に表示するものを選択したり順番を入れ替えるなどの
カスタマイズはできないものでしょうか？

（Thunderbird78.2.2 (32 ビット)　Windows10）

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/85.0.4183.102 Safari/537.36

メッセージペインのヘッダービューのツールバーは、メイン画面のツールバーのようなカスタマイズ機能は提供されていません。

UI要素のXULソースを調べ、それに対するCSSを userChrome.css に書くことで、ある程度カスタマイズすることは可能かと思います。
ただし、これは自助努力・自己責任の方法となります。
ここではその取っ掛かりだけ案内します。

userChrome.css を使ってUIのスタイルを変更する方法につきましては、別トピックで説明を書いたものがありますので、下記リンクを参考にしてください。
viewtopic.php?f=3&t=17916&p=65653#p65653

userChrome.css に簡単な例として下記を記述すると、ヘッダービューのツールバーの各ボタンの背景色が水色になります。

UI要素のXULソースは Ctrl + Shift + I で開発ツールボックスを起動してインスペクターを使用することで調べることができます。（参考：Firefox のブラウザーツールボックスの説明 https://developer.mozilla.org/ja/docs/T ... er_Toolbox）

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Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:80.0) Gecko/20100101 Firefox/80.0

ありがとうございます。
　
教えてもらったとおり色を変えてみたり、Ctrl + Shift + I で該当部分を探したりして、何をするとカスタマイズ出来るのか概要が見えてきました。
https://photos.app.goo.gl/HRsi55tWs1z7hgsu5

今あるボタンをどうしたら任意に消せるのかまだ分かっていませんが、何となく何とかなりそうな気がしてきました。

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