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当方もずっと「タグの色はメールにタグ付けた順」と思っていたのですが、そうではなくて実際には「タグの定義順」に色が決まるようです。例えば初期状態（下図）だと重要＞仕事＞プライベート＞ToDo>後で、の優先順位で色が決定します。
（タグの一覧は上図のようにメールのコンテキストメニューから選択できるほか、メニューバーのツール＞オプション＞表示＞の「タグ」内で見られます）

ですので、「重要」「終了」の定義順が重要＞終了であったなら、後から「終了」タグをつけても「重要」の色がそのまま優先されてしまい、仰っているような現象になると思われます。

【解決策】
１）タグの定義を「重要」「終了」ではなく「終了」「重要」にする
機械的には、オプション＞表示＞内の「タグ」一覧にて「終了」を「重要」の上位になるよう直接名前を変更してあげれば、「終了」の色が「重要」よりも優先されると思います。
ただしこれだと、今ある分類済みのメールについたタグも一斉に変わってしまいます。

２）既存のタグを並べ替える
名称変更の他に、今見えているタグの一覧順（上下）を変更して、「終了」が「重要」の上に来るようにすれば、「終了」の色が「重要」よりも優先されるようになります。
ただし、Thunderbirdの基本機能にタグの順番を入れ替える機能はないため、以下のようなアドオンを導入して並び替えを行うことになります(あくまで一例です)。
Tag Sequence Arranger :: Add-ons for Thunderbird

実際にやってみたところ、重要＞仕事の順になっていたタグの順番を仕事＞重要にすれば、スレッドペインでもタグの色が変わることを確認しました。

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Thunderbirdの基本を書いています(ずっと発展途上)　とりかごとなり。
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