MacにおいてThunderbird 52.3.0を使用しておりますが、左上の三色のボタン
(「閉じる」「最小化」「最大化」の赤黄緑のやつ）が表示されなくなってしまいました。
何か設定を触ってしまったのかわかりません。
どうすれば元通り、表示されるようになるのでしょうか？
どなたかご教授いただけるとありがたいです。

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Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10.12; rv:55.0) Gecko/20100101 Firefox/55.0

フルスクリーンモードにしたとかじゃなくてですか？
https://support.apple.com/kb/PH21860?lo ... cale=ja_JP

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Thunderbirdの基本を書いています(ずっと発展途上)　とりかごとなり。
基本の操作(画像あり)：バージョン確認　/ セーフモード / 新規プロファイル作成

フルスクリーンモードではないんです、これが。

一旦、メニューバーの「表示」からフルスクリーン表示にしてみて、
それをもとに戻してもボタンは戻ってこないんです。

フルスクリーン表示のときに、カーソルを画面の上まで持っていくと「３つの
ボタン」（真ん中の黄はこのときはグレーアウトしています）は出てくるので
すが、その「緑」のボタンを押下してフルスクリーン表示を終了させた後には、
やはり「３つのボタン」はあるべき場所に表示されないのです。

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外してましたか…

Thunderbirdの全ての画面(メインの画面、メール作成画面、そのほかなど）でそのようになりますか?
あと、ひょっとするとOS(のバージョン)依存の可能性もゼロではないので、Macのバージョンもお書きください。
同じバージョンの方からレスつくかもしれません。
※OS X 10.10.5+Thunderbird52.3.0では再現しませんでした。

ちょっと現時点で原因を絞れないため、基本的なトラシュートラブルシューティングとして、セーフモードと新規プロファイルを試してみてください。
これらで改善すれば、使用しているアドオンとか個人の設定・環境依存である可能性が疑われます。
Thunderbird のセーフモード | Thunderbird ヘルプ
複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ

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