ちょっと操作内容にわからない部分があるので質問交えながら。
もしまだプロファイルのバックアップを取っていなければ、作業の前にお取りください。
em8617 さんが書きました:
元の受信トレイにももちろんなく、誤作動で他フォルダに移動してしまったということもありません。ただ、試しにウィンドウ右上の検索機能で移動したメールを検索すると、ちゃんと検索されるのでデータは残っていると思われます。
検索したのはどこの検索機能によるものでしょうか？
ツールバーの初期状態だと「右上」にある検索フォームは、グローバル検索（下図黒枠）とクイックフィルタバーでの検索（赤枠）とがあります。どちらで行いましたか?
また、検索で出てきたメールはきちんと実体がありましたか？（検索結果に出てくるだけではなく、きちんとメールとして開き表示が可能であること）
グローバル検索 | Thunderbird ヘルプ検索機能のキーボードショートカット | Thunderbird ヘルプ添付ファイル:
コメント: 上（黒枠）がグローバル検索、下（赤枠）はクイックフィルタバーのもの/Win8.1+Tb52.2.1
searchbar.png [ 30.23 KiB | 表示数: 6070 回 ]
em8617さんが書かれた「検索される」がメールの実体としてちゃんと残っているとすれば、メールデータ本体とメールの一覧（インデックス）との不整合がまずは疑われます。この場合はインデックスをもう一度作成し直せばメール本体との整合性が回復し、正常に表示されるようになると思います。
しかしメールデータそのものが存在しない…となると復旧そのものが厳しいので、まずは前便で書いたように、プロファイル内のメールデータ本体についてファイルサイズを確認してください。
※POP前提です。IMAPの場合はその旨お書きの上ImapMail内を探してください。
- 受信トレイ：プロファイルフォルダ>Mail>メールサーバ名（またはLocal folders)>内のInbox(拡張子無し）
- 手動で作成したフォルダ：プロファイルフォルダ>Mail>メールサーバ名（またはLocal folders)>フォルダ名の拡張子無しファイル
これら１・２のファイルについて、
- ファイルサイズが0-数kbしかない→メールそのものが削除されてしまっている
- メール数相応のファイルサイズがある→メール本体が残っている可能性が高い
と考えられます。以下はメールが残っているであろうことを前提に書いています。
作業前に一度Thunderbirdを終了させてから以下を行います。
上記１・２について、拡張子無しのInboxやフォルダ名のファイルのほか、同じ場所に拡張子が.msfのファイル（メールのインデックスに相当)があるはずですので、これを一度削除してからThunderbirdを起動し直してください。
これで改善すればメール本体とインデックスの不整合が原因ということになります。
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