残念ながら、ご希望の動作を実現する設定項目は、現状の Thunderbird にはありません。
スレッドペインで選択した１つのメッセージを [Delete] キーで削除したとき、
選択された行からフォーカスが移動しない のが Thunderbird の動作です。（おそらく、ほとんどのメールクライアントの初期動作も同様だと思います。）
この場合、削除された行は "下からくり上がって" リスト表示が補完されるので、結果として「下側のメールが上側に移動しそこにフォーカスがあた」ることになります。
通常、"上からくり下がって" リスト表示を補完する動作は、最下位のメッセージを削除したとき以外は不自然ですから、削除後にフォーカスが「上移動」するということは意図して上の行にフォーカスを移動させる仕様を意味するのではないかと思います（リストの最上位にあるメッセージを削除した場合、「上移動」は無理でしょうけど...）。
しかし、現状の Thunderbird にそのような機能がないのは上述のとおりです。
ご質問のような動作に対するニーズがあるのは、ぼくも理解できます。
とくに、[表示] -> [並べ替え順序] を [スレッド] や [グループ化] にしているようなとき、あるスレッドの階層下のメッセージを削除したとき、単純に下位のメッセージではなく上位階層（そのスレッドのルート）にフォーカスを移してほしいとか、グループ化のルートを削除した後のフォーカスを現状の仕様とは異なる動作にしたいというニーズは確かにあるでしょう。
(参考)
・スレッドペインの並べ替えを「グループ化」にした際の挙動
viewtopic.php?f=3&t=10691Bugzilla までは調べていませんが、既出のバグ報告がないのなら、keyboardmouse さんがそのような要望を提案なさってはいかがでしょうか。
既出のバグ報告があるなら、そこに keyboardmouse さんが意見を書き込むこともできるでしょう。
・Bugzilla Main Page
https://bugzilla.mozilla.org/（補足）
ご希望の動作とは異なりますが、スレッドペインで１つのメッセージを選択し、それを削除したあと、どのメッセージからもフォーカスを外すアドオンがあるのは知っています。
（参考）
・Deselect on Delete
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbi ... on-delete/このアドオンの趣旨は、あるメッセージを削除後、次のメッセージが自動的に（フォーカスが当たった）選択状態になり、その内容がメッセージペインに表示されるのを避けることにあります。
目的は異なりますが、"フォーカスを外す" ことができるのなら、工夫すれば「上側にフォーカス移動する」ようなアドオンを作れるのかもしれませんね。
詳しく探せばそのような機能を持ったアドオンがすでに存在するかもしれませんし、スキルがあるなら自作することもできるのではないでしょうか。
いちおう、ひとつのヒントとして紹介しておきます。
とりあえず以上です。的外れな話になっていたらすみません。
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