※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントの種類（IMAP か POP か）といった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。maco さんが書きました:
以前誤ってIMAPで接続したアカウントをSMTPでの接続に切り替えるために再度IMAPのときのアカウントは削除して同じアカウントでSMTPで接続を行いました。
ちょっと話が見えないのですが、もしかして、SMTP と POP を取り違えておられるのでしょうか？
SMTP というのは送信サーバー（用のプロトコル）のことですから、受信サーバー（用のプロトコル）である IMAP や POP のような形でのアカウント設定はできません。なにより、SMTP に [受信トレイ] や [ゴミ箱] のようなフォルダは存在しません。
Thunderbird の [アカウント設定] 画面では、左側のペインに各アカウントが並んでおり、その最下段に [送信 (SMTP) サーバ] というのがあって、そこで個々の送信サーバー（SMTP）の追加、変更、削除などをおこなえます。
お使いの電子メールサービスは何ですか？
Gmail などのフリーメールサービスとか、接続プロバイダのメールサービスとか、会社や学校のメールサーバーだとか、そういうことです。サーバー側の条件によっては、Thunderbird 側でも特別に意識しなければならない事項があるかもしれないので、その点を明らかにする意味でお尋ねしています。
例えば、Gmail を使っているのならそのことを明言していただくことで、同じ Gmail ユーザーからのアドバイスが期待できます。
（補足）
一般に、受信サーバーの種類・形式を IMAP か POP に切り替えられるケースでは、サーバー側での切り替え設定か、サーバー名などの設定項目に違いがあると思います。場合によっては、何か特別な注意事項が示されているかもしれません。
アカウント設定にあたっては、Thunderbird の自動アカウント設定だけに頼らず、メールサービスの提供者から指示されている内容をしっかり確認することが大切です。Thunderbird の自動アカウント設定の弱点は、間違ったサーバー情報だと "設定できない" のではなく、間違った内容のまま "設定できてしまう" ことがある点です。そのため、サーバー提供者側から指示されている設定内容を手動で設定するほうが確実なケースがあります。
maco さんが書きました:
すると何故かアカウントの下にゴミ箱が来てその次に受信トレイと並ぶようになってしまいました。
そのアカウントの設定が不正常なまま完了してしまったのかもしれません。
あるいは、これまで何度かアカウントを作り直してきた経過の中で、現用のプロファイル内に障害が発生したのかもしれません。
「以前誤ってIMAPで接続したアカウントをSMTPでの接続に切り替えるため」が POP アカウントだとすると、設定直後の Thunderbird 上のフォルダの並びは、
-------------------------
[アカウント名]
├ [受信トレイ]
└ [ゴミ箱]
-------------------------
となるのが標準です。
Thunderbird のアカウント設定の内容や送受信したメールデータはプロファイル内に保存されています。Thunderbird 上の フォルダ構造は、IMAP と POP では保存される場所が異なります。POP の場合は [Mail] フォルダ、IMAP の場合は [ImapMail] フォルダです。もし同じ受信サーバーの形式を IMAP から POP に切り替えたのだとしたら、[受信トレイ] や [ゴミ箱] などは、 [Mail] フォルダ配下に作られると思います。
プロファイルに異常が起こっているとして、Thunderbird のフォルダペイン（メインウィンドウ左側）に関しての情報（キャッシュ）を保持しているのは、panacea.dat や folderTree.json です。
これらのファイルを削除するか、一時的に別の場所に退避して Thunderbird を起動することで、そのときのアカウントの状態（[Mail] フォルダ等の構造）から新たな panacea.dat や folderTree.json が自動生成されます。単純な障害ならこれでフォルダペインを初期化でき、問題を解決できることがあります。
フォルダを並べ替えるアドオン（例：Manually sort folders など）をすでに導入しているのなら、そのアドオンに異常が起こっていることも考えられます。
その種のアドオンと Thunderbird 本体の設定情報の両者に混乱が生じているのかもしれません。
実際に maco さんがお使いプロファイルがどのような状態にあるのか他者にはわかりませんから、上記の話が当てはまるかどうかもわかりません。
比較のため、次の公式サポート記事を参考にして新しいプロファイルを追加作成し、そこに希望するアカウント（POP ？）を設定してみてはいかがでしょうか。
（参考）
・複数のプロファイルを使用する | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/using ... e-profilesいま使っているプロファイルはそのままに、新しいプロファイルを追加作成でき、いま使っているプロファイルに影響を与えず、新しいプロファイルで素の状態の Thunderbird の動作を試すことができます。
新しいプロファイルで作成したアカウントで初期状態のフォルダの並び順に異常がないなら、いま使っているプロファイルに障害が起こっていることになるでしょう。
とりあえず以上です。的外れな話だったらすみません。
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