※質問するときは、「フォーラムの利用に関するご案内」、とりわけ「質問するときは」に目を通し、OS の種類や Thunderbird のバージョン、アカウントは IMAP か POP かといった使用環境についての最低限の情報を書き添えることをお勧めします。ご利用の環境条件や実際の運用状況がよくわからないのですが、いまある文面から推測すると、[ごみ箱] フォルダが飽和しているのではないでしょうか。
こういう状態に陥ってからの「ごみ箱を空にする」や「最適化」は、処理に時間がかかるだけでなくシステムに大きな負荷をかけます。
アカウント設定、送受信したメールデータ、アドレス帳データなどのユーザーデータは、プロファイル内あって集中管理されています。
なんらメンテナンスせず長期間使い続けてきたプロファイルには、潜在的な不具合の芽が潜んでいることがあり、アップデートなどの大きな変化があったタイミングで不具合が表面化することがあります。
また、送受信したメールデータを仕分け整理しないまま特定のフォルダにだけ溜め込むと、その実体ファイルがどんどん肥大化していき、パフォーマンスや安定性を低下させることがあります。（実質的にはシステムの処理能力などに左右されます。）
最終的に、何をどうなさりたいのかがよくわかりませんが、いまある [ごみ箱] を完全に空にしてしまいたいという話なら、直接プロファイルを操作して [ごみ箱] を一掃する方法が、あるにはあります。
ただし、プロファイルの直接操作は慎重さが求められます。中途半端なことをやると重要なデータを失いかねません。
（参考）・Thunderbird のプロファイル | Thunderbird ヘルプ
https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-thunderbirdヨタロー さんのところの現状と、Thunderbird のプロファイルについてどの程度のことをご存知で、PC の操作をどこまでできるかを具体的にご説明いただければ、プロファイルを操作して [ごみ箱] を一気に空にする手順をご案内できるかもしれません。
とりあえず以上です。ご期待と違うはなしだったらすみません。
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