解決されたところ、横から失礼します。
質問者は、利用している環境条件を明示しておられませんが、投稿時に使ったブラウザの User Agent や、文面に Outlook Express が出てくるところから、OS は Windows XP だと想像されます。
サポートが終了して久しいこの OS を使い続けることの是非には触れませんが、OS 同様にサポートが終了した古いバージョンの Thunderbird を使っている場合、ご質問のようなことが起こります。
Thunderbird の正式リリース版は、17.0 以降 ESR ベースでリリースされています。
17.0 系の次は 24.0 系、その次は 31.0 系、そして現在は 38.0 系という具合です。それらの途中のバージョンはベータ版として提供されています（欠番もありますが...）。
このうち、24.0 系までは、WADA さんがおっしゃる
WADA さんが書きました:
これだと不便なので、フォルダーの削除の時にごみ箱の下で重複する場合にサフィックスをつける、という機能が開発されたはずですが、まだ出荷されていないのでしょう。
の状態を残してします。
しかし、31.0 系以降はこのサフィックス（接尾辞）が導入され、重複する名前のフォルダが [ごみ箱] に入った場合、名前の末尾に (2) (3) などのパーレン付数字のサフィックスが自動的に付加されるようになりました。
つまり、一般的な場面では、[ごみ箱] をそのつど空にしたり、２つ目以降のフォルダ名を削除前に変更しなくても、名前が同じフォルダ／サブフォルダを削除でき、[ごみ箱] 配下にそれらのフォルダを持てるようになっています。
例えば、一時的な用途で [一時保存] という名前のフォルダを作ったとして、不要になった段階でこれを削除して [ごみ箱] に入ったとします（[ごみ箱] は空にしない状態を維持）。その後、別の目的で再び [一時保存] という名前のフォルダを作り、用が終わって削除するとき、バージョンによって動作が変わります。
24.0 系以前では [その名前のフォルダはすでに存在しています。別の名前を入力してください] というエラーメッセージが出て削除できず、２つめを削除するためには、WADA さんがお示しくださった手順をとるしかありませんでした。
しかし、31.0 系以降は普通に削除できます。Thunderbird が自動的にサフィックスを付加するので、[ごみ箱] には [一時保存] と [一時保存(2)] という名前のフォルダが存在します。
このことから推測すると、質問者の risonaseven さんは、24.0 系かそれ未満のバージョンをお使いなのかもしれません。
Windows XP であっても、Thunderbird 31.0 系や 38.0 系なら、ご質問のようなことは起こらないと思います。
以上、補足まで。おかしなことを書いていたらすみません。
（補足）
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