メール本文を作成すると，末尾に黒い菱形の中に？マークがついた記号が表示されます．
多分EOFマークが化けたものと思われますが，これを非表示に出来ませんか？
ホームページのURLを記述した場合，このマークがあると，ブラウザでエラーになります．

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64; Trident/7.0; rv:11.0) like Gecko

　
＊質問・投稿する前に、サポートサイトやヘルプ、このフォーラム内を検索・閲覧して
　該当項目、同類・類似事例がないか、確認してみましょう。
　また、広くインターネット上でも、同類・類似事例がないか、調べてみましょう。
＊質問・投稿する前に フォーラムの利用について をしっかり読んで、その内容を理解
　した上で、それに沿って投稿しましょう。
＊ご自分の利用環境として、正確な OS の種類と Thunderbird のバージョンぐらいは
　書き添えましょう。
＊質問した後やアドバイスをもらった後は、放置せずに、結果や経緯を必ず書くように
　しましょう。ここは、ユーザ同士で、各種情報・事例を、シェアする場です。　
　
　

再現しません。
[環境：OS:Windows 7 Professional SP1 + Thunderbird 24.4.0 日本語版]


どのような条件下で、どういった手順で、どうすれば再現できるのか、その具体的内容を
提示してください。
そうしないと、あなた以外にはさっぱりわからない、謎の現象のままになります。
さっぱりわからないものは、確かめようがありません。


同上です。

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Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; rv:31.0) Gecko/20100101 Firefox/31.0

それは、ある文字コードセットの中に無いバイナリーデータがあった時に、代わりに表示する、UnicodeのU+FFFDという文字のグリフでしょう。
「Unicode Character 'REPLACEMENT CHARACTER' (U+FFFD)
2バイトコードのShift_JISで書かれたテキストファイルを、1バイトコードの文字のiファイルとして開き、コピー＆ペースとすれば、Sfift_JISの８ビット部分のバイナリーに対応する文字を持っていない1バイト文字コードはたくさんありますし、Shift_JISの８ビット部分のバイナリー部分では、どの1バイト文字コードも持っていないバイナリーが使われていますから、「不正な文字」となって、代わりにU+FFFDで表示されることになります。
このような場合は、単に、メール入力における操作ミス、メールのテキスト入力で必要な操作を正しくきちんと実行していない、というだけの話。

メール作成で、普通にテキスト入力したり、ちゃんとしたファイルからちゃんとした操作でペーストしたりしている限りは、その不正なバイナリーが入ってU+FFFDで表示される、という状態を作るのは、至難の業なんですけど。
UnicodeのページからU+FFFDの文字をコピー＆ペーストするか、ファイルをわざわざ間違った文字コードのファイルとして開き、それをコピー＆ペースト、というようなことをしない限り、U+FFFDは簡単には表示させられません。
一体、どのような操作をして、U+FFFDを入力、あるいは表示させたのですか？
Macとかで、たまたま行った操作が、U+FFFDの入力?

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Mozilla/5.0 (Windows NT 5.1; rv:22.0) Gecko/20100101 Firefox/22.0 SeaMonkey/2.19